写这个记录的缘由，是我在生信技能树[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到这样一...
IP属地：广东
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2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics数据 -
MacOS完全卸载Docker，然后重新安装
Remove all docker related file using terminal command lines below Create .docker direct...
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解决国内GitHub访问慢的问题(修改 hosts)1、打开 https://www.ipaddress.com/[https://www.ipaddress.com/] 这个全球最好的 IP 地址查询工具网站来查询出域名当前...
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一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解
写在前边的话 在此要感谢碱基矿工[https://www.jianshu.com/u/47e9e401869f]，第一次做全外显子测序的变异检测时便是参考了他写的教程，当...
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Mac系统的.DS_store文件
DS_Store 文件的主要作用，是存储当前文件夹在桌面显示相关方面的一些自定义属性，包括文件图标的位置、文件夹上次打开时窗口的大小、展现形式和位置等。 如需要阻止自动生成，...
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WGCNA包的blockwiseModules函数debug
WGCNA debug 运行到这里报错：Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use...
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机器学习的常用算法（生信必备）作为一个合格的生物信息工程师，生物学的算法是必备的技能。本人从业不到一年，深感统计学知识匮乏，希望以简书作为自己的学习平台，和大家分享一些常用的算法，本人能力有限，只能介绍一...
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Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
转录组分析一般通过比对或非比对的方法对基因表达进行定量，得到一个样本-基因表达矩阵用于下游数据分析。下游分析通常是进行差异表达分析，对差异基因进行功能注视，如Gene Ont...
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服务器端部署网站上线
Step1: 首先把所有写好的文件放在html这个文件夹中，然后上传文件到服务器 Step2: 在服务器创建/var/www/html文件夹，并把上一步的文件转移到这个文件夹...
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推荐几款Mac平台上不错的Markdown软件1、Typora 这也是我现在主要使用的，优点是界面简洁，可以即时的预览所书写的内容，而且还有Windows版和Linux，无论在公司还是在家都可以使用。 缺点是不能同步笔记...
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fastp我用挺好的啊，你是不是漏掉了--detect_adapter_for_pe这个参数，如果是双端测序，不加这个参数才会出现去接头不干净的情况，加了这个参数就没问题了
二代测序数据（RNA-seq）比对率低怎么办
在分析二代数据的时候，很常见的一个问题就是比对率低，下面是我就经常遇到的一些情况，以及解决方法。 影响测序数据比对率的原因 1.接头污染: 测序接头: 最常见的污染源就是测序...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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3. SNP Calling以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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当然用默认的参数--option-file是最佳选择，我这样用也不是错呀，只是另一种传递参数的方式，如果prefetch没有参数让你传递整个文件，那我这种方式就很省事了，其他软件我也有这样用，很方便
教你3种方法下载NCBI GEO数据
1.常规下载方式：prefetch 对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fast...
