许久未回简书平台，临近假期，又到了学习新知识的时间 关于科研中，植物科学常见的分析问题，有了些许经验和沉淀，那就等待假期慢慢更新吧 私信和邮件会慢慢回复，希望能对疑惑有所帮助...
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2023-11-25
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【pybedtools】在Python中使用BEDTools功能
I have a Python, I have a BEDTools.Ah,pybedtools!原文：https://www.cnblogs.com/huanping/p/...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
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2023-01-15
最近停了一下 学习了表观遗传的课程，相关的测序原理，比对算法思路，以及应用到具体操作中一些参数的意义 还是要整理一下，接下来一周多，我会在学习python的同时，整理我全部的...
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自省 | 保持理性，控制情绪
前几天，基本每天一边做事情一边带陈及时。陈及时的作息时间比较规律，只是每天晚上要等到23:30之后才会睡觉。当然，这个是我们以前给他养成的习惯。有一天晚上，确实是很困。当然也...
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Seurat | 我用「TBtools」学会了「单细胞测序」数据分析写在前面 TBtools已经拆除了绝大部分生信分析的门槛，让众多湿实验工作者们（无代码基础）可以畅快地分析他们的数据。 不求人非常爽！ 不用跟公司低效沟通分析细节非常爽！ 很...
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【GSAman 使用记录】
这里是佳奥！ 这里记录一些我使用GSAman 的心得。 1、.gsaman文件 选择一个.gff3文件，直接修改文件后缀为.gff3.gsaman 把修改后缀的文件拖入即可，...
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【TBtools 使用记录】
这里是佳奥！多一个工具多一种方法，除了R语言，下游分析的方法还有很多很多。 这里记录一些我使用TBtools的心得。 1 、安装 2、手册 3、热图 按住Alt水平或竖直方向...
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【linux 常用】
这里是佳奥！这一部分是Linux常用的命令。 1、释放WSL2子系统空间 2、删除进程 3、改命令行配色 4、启动ssh服务 5、conda镜像： 6、启动conda进程 7...
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【ATAC-Seq 实战】五、peaks、motif注释这里是佳奥！新的一年，ATAC-Seq的学习也进入了尾声。 让我们开始吧！ 1 peaks注释 统计peak在promoter，exon，intron和intergenic区...
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【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、p...
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。理论上重复样本...
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R语言ComplexHeatmap包做热图：热图每隔三行分开一小段这个是有读者在B站给我的留言问到的问题 热图每隔三行分开一小段 怎么实现？我最开始的想法是用ggplot2来做，将数据拆分，每三行数据做一个图，最后采取拼图的方式来实现。 后...
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「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey基因组组装之前，有一些问题还是需要注意的， genome size是多少？ 评估得到的genome heterozygosity是多少？ 重复序列的占比是多少？ 可以系统性地...
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【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。 1 使用bowtie2进行比对 用bowtie2进行比对和统计比对率, 需要提前下载参考基因组然后使用命令构建索引，或者直接就下载...
