这里是佳奥!
这里记录一些我使用GSAman 的心得。
1、.gsaman文件
选择一个.gff3文件,直接修改文件后缀为.gff3.gsaman
把修改后缀的文件拖入即可,会创建索引文件
2、选择.gsaman的注释片段
右键 Copy CDS查看是否ATG开头,TAG结尾
右键 Copy mRNA序列,进TBtools,ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode),预测开放阅读框
3、注释预测 Softberry
http://www.softberry.com/
http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
右键 Softberry Predict
进入网站复制序列,选择物种,全选结果复制到弹出窗口
4、切除/添加外显子
发现一段基因中间有内含子:右键 SLICE this exon,然后鼠标左右拖动
添加外显子:右键 ADD/INSERT an exon
5、导出.gsaman到.gff3
右键,EXPORT to gff3 File