前面的2节介绍了数据的格式转换宽表转长表函数pivot_longer以及行过滤函数filter( )今天来继续介绍列选择函数select( )的使用 选择列:基础 要选择几列...
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R语言基础入门(3) select选择列的方法从基础到高级 -
maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化
本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开...
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2022新版TCGA数据下载与整理2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
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estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signture来评估以上内容，其输入文件...
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使用image J给图片添加标尺1、下载和安装image J2、打开要添加标尺的图片3、点击直线标尺 4、把图在清晰情况下尽可能放大，可以按住ctrl+鼠标滑动5、标好尺寸 6、双击直线标尺可以设置线宽（L...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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本博客纯属胡说八道，有疑问还请自行翻阅相关资料
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对作为生信菜鸟，某天运行代码，出现如下错误： 运行如图代码出现错误。明明跟着老师来，为啥会出错呢？百度： 有个解答如下：R语言&Python GEO DataSets多个Ser...
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实战：TCGA数据差异分析三大R包及其结果对比原本还有第四个部分，小洁老师讲了另一个R包下载表达矩阵和临床信息的，TCGA-4.使用RTCGA包获取数据但是这个包有个缺点就是数据更新不及时，因此当时看到时候我就没有跟学了...
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二、UCSC Xena数据库下载表达数据Ensemble_ID转换为Gene并整理数据
1、安装并加载部分R包 2、设置工作路径 3、导入表达谱数据 4、去除Ensembl_ID小数点后面的数字 5、下载Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gt...
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简书如何写代码
1、进入简书编辑界面，点击左下角的设置栏，在默认编辑器中选择“MarkDown编辑器”。 ： 设置编辑器后，需要新建文件才能启动新编辑器，否则还是“富文本编辑器”。 2、方法...
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一、UCSC Xena数据库下载数据1、官方网址：https://xena.ucsc.edu/ 2、点击上图“Launch Xena”，进入下图 3、点击上图“DATA SETS”进入下图 4、上图左边是不同癌...
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2022-07-03
免疫治疗疗效预测biomarker定义 PD-L1表达有多种biomarker体现，包括TPS、CPS、IPS、TC和IC。 TPS，tumor cell proportio...
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TCGA数据挖掘二：基因差异分析加载之前下载并保存的文件 注意：这里介绍的差异分析方法有三种，其中limma是最经典的，但是limma是必须接受log之后的值，才能正确算出差异，一般芯片数据用limma包，...
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DEseq2差异表达分析
转录组数据绕不过差异分析。为什么选择这两个包呢？DEseq2针对有生物学重复的样本。（一般情况下应该是都需要生物学重复的）edgeR对于单个样本是比较好的。（但是细胞材料真的...
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R语言安装export包
1、直接用install.packages("export")报错： 这种烦人的错误，简直是。。。。2、查阅资料从github上下载export包，然后安装。1）下载地址：h...
