@南柯一梦_7b6e 基因列表可以自己制作，包括基因名称以及 log2 转化后的 Fold Change 信息
GSEA富集分析+R分析+多类美化工具相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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devtools::install_github("nicolash2/gggsea")
GSEA富集分析+R分析+多类美化工具
相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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ggplot2制截断坐标轴
https://mp.weixin.qq.com/s/weDjiYK4tOaeENI6vzJFEw[https://mp.weixin.qq.com/s/weDjiYK4tO...
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apply，lapply，sapply，vapply，tapply以及mapply的用法
1.apply() apply()以数据帧或矩阵作为输入，并以向量、列表或数组的形式给出输出。 apply(X, MARGIN, FUN) x ：数组或矩阵 MARGIN...
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VScode环境搭建+远程连接服务器+x11VSCode（全称：Visual Studio Code）是一款由微软开发且跨平台的， 并使用 Monaco Editor 作为其底层的免费源代码编辑器。其具有轻量且强大的代...
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想问下小洁老师的代码能提供下吗
谢谢啦GSE53625的“坑”
研究方向为食管癌的同学老师们一定知道GSE53625这个数据集，来源于《LncRNA profile study reveals a three-lncRNA sign...
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如果你有counts文件直接进行差异表达分析
RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析
一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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记录数据分析过程中遇到的那些让我涨知识的坑，生信札记
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记录学习生信的点滴
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定义：基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 优点：利于分类整理结果。 两类测序bias 长度bi...
