很久没有跟新啦~~~忙着基金。。基金。。还是基金，然后就是文章。。文章。。还是文章。终于有空整理之前的东西。 说绘图方法之前先要了解，转录组的PCA图的意义是什么？为了检测样...
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转录组数据绘制PCA图以及生物学重复的相关问题
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单细胞基因可视化之小提琴图
完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。...
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Seurat 4.4.0版本安装
Seurat在更新到V5版本之后，以前在V4版本运行没问题的代码偶尔会遇到报错，这时候如果不想深究可以直接退回到V4版本，具体运行代码： 注意，这个安装的是4.4.0版本。 ...
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ggplot2-画累积分布函数图（cumulative distribution）累积分布函数图一般就是这种类型： 其具体的含义可以去查一下“累积分布函数”的意义，在生物学领域一般是一条从0到1的平滑曲线，假设图中曲线上有一个点(0, 0.5)，代表log...
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GOplot-使用GOChord画弦图报错
使用R包自带的数据时还算比较顺利，但是用自己的数据时总会出现各种奇奇怪怪的问题，所以建议每一步都关注数据的变化，特别是行数列数（有时候会多了或少了）、表头名称（最好改成和示例...
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GOplot-GO富集结果可视化该R包对应的文献为：GOplot: an R package for visually combining expression data with functional a...
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xtail-计算翻译效率差异最近在使用xtail这个R包时找到的教程非常有限，于是简单分享一下自己学习的过程。 本R包为清华大学生命学院杨雪瑞课题组在2016年发表在Nature Communicati...
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单细胞交响乐2-scRNA从实验到下游简介刘小泽写于19.10.30 更新于2020-06-24为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合交响乐1-理解单细胞常用的数据结构Single...
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单细胞之轨迹分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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你好，请问你这里分析了多少个细胞呢？大概花了多久？
使用SCENIC分析singlecell-RNAseq实战演练
SCENIC全称：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering实战之前需要准备的学习资料：1.阅读关于SCE...
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使用SCENIC分析singlecell-RNAseq实战演练SCENIC全称：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering实战之前需要准备的学习资料：1.阅读关于SCE...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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一文总结：双荧光素酶实验的原理、应用及详细步骤想验证miRNA与靶基因的作用? ——双萤光素酶报告基因检测 想了解miRNA和lncRNA/circRNA的靶向互作?——双萤光素酶报告基因检测 想知道转录因子对下游基因的...
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单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记上一篇文章深入学习了Monocle2包，这次来继续学习Seurat包。Seurat官方网站：https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_...
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用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介绍：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相应的软件，其实clusterProfiler除了做go term 富集...
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【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）文库标准化的目的 RNA-seq每个基因的长度和深度均不相同，所以需要对基因的长度和测序深度进行Normalize 输入 一个Read Count的数据矩阵（行为基因，列为样...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白质序列进化树构建软件下载：https://www.megasoftware.net/ 1、数据输入 2、进化树构建 这就画出来了 调整成圆形 有点多哈 此外这次分析的蛋白质序列，大概这个样子
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WGCNA实例分析及解读（附代码）WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...
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Cytoscape中文教程（1）写在前面： 对于我们大多数来说，用图形或图表更比数据本身更能说明问题，更容易让人理解，并且可以赏心悦目。细胞内部，大量的分子时刻都在发生着变化或相互作用。对于我们来说，了解这...
