@假如我重生了 就是tassel软件包脚本
格式转换--2024-03-23格式转换hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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曼哈顿图--R可视化曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qq...
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格式转换--2024-03-23
格式转换hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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R/qtl 定位分析（四）Non-normal phenotypes
前面介绍了 QTL 分析的一般流程：包括数据输入，数据质量检查，单 QTL 分析。对这个过程已经比较了解了。 R/qtl 定位分析（一）读取数据[https://www.ji...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 将vcf文件格式转化 第二步：使用如下R脚本将变量表转换为hapmap。 注意：仅仅在单倍体，双等位基因型SNP中得到...
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GWAS 分析 2024-03-17
概念 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位。 （2）GWAS分析的两类性状： 分类性状（阈值性...
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vcftools使用2024-03-17
vcftools主要处理vcf/bcf文件，包括：过滤(filter) ；变异位点的基本统计；数据格式的转换；多个vcf文件的比较（compare files）；集合运算等。...
