⭐⭐⭐本文记录我使用PsRobot的psRobot_tar模块识别靶基因的过程。踩了不少坑，供实验室师弟师妹们借鉴学习。本文参考： PsRobot: a web-based ...
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PsRobot的使用流程 | 小麦篇
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利用R/qtl1计算QTL定位，并估算其效应值想对数量性状表型进行定位，首先应该知道有多少QTL存在，其次QTL之间是否存在互作，当 QTL数目和其互作关系确定后，就可以估算其对表型变异的解释百分比（PVE：percen...
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互帮互助问答帖
虽然没有几个关注，但能看到这些笔记的应该都是同志们 有时候朋友的私信我可能看不到，我也不一定能解决。 群体遗传学方面、生信方面、R语言等等，如果大家有什么问题，可以在这边留言...
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@风知秋 > out.fq <- fitqtl(hyper, qtl=qtl, formula=y~Q1+Q2+Q3*Q4, dropone=TRUE,get.ests=TRUE)
> summary(out.fq)
fitqtl summary
Method: multiple imputation
Model: normal phenotype
Number of observations : 250
Full model result
----------------------------------
Model formula: y ~ Q1 + Q2 + Q3 + Q4 + Q3:Q4
df SS MS LOD %var Pvalue(Chi2) Pvalue(F)
Model 5 5932.474 1186.49472 22.20915 33.57573 0 0
Error 244 11736.463 48.10026
Total 249 17668.936
Drop one QTL at a time ANOVA table:
----------------------------------
df Type III SS LOD %var F value Pvalue(Chi2) Pvalue(F)
1@67.8 1 1340 5.871 7.586 27.87 0 2.87e-07 ***
4@30.0 1 3021 12.433 17.096 62.80 0 8.14e-14 ***
6@60.0 2 1661 7.185 9.400 17.26 0 9.72e-08 ***
15@17.5 2 1475 6.426 8.347 15.33 0 5.35e-07 ***
6@60.0:15@17.5 1 1210 5.327 6.849 25.16 0 1.02e-06 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Estimated effects:
-----------------
est SE t
Intercept 101.5427 0.4534 223.948
1@67.8 -4.7267 0.9177 -5.151
4@30.0 -7.0755 0.9124 -7.755
6@60.0 3.6968 0.9333 3.961
15@17.5 -2.2846 0.9172 -2.491
6@60.0:15@17.5 -8.7483 1.9166 -4.565
老师，est只有一个值，没有加a和加d的加性效应和显性效应是怎么回事呢互帮互助问答帖
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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R语言pheatmap热图色条控制小技巧本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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R绘图|pheatmap热图绘制——中阶篇
本次内容在pheatmap热图绘制——基础篇的基础上展示如何在热图上体现不同的功能分区，以及如何根据聚类结果将不同的cluster分开？ 首先清除环境，安装并加载所需要的R包...
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博主，这个警告信息是什么原因呀，我是输入自己的数据
> out.cim.20 <- cim(hyper, n.marcovar=3, window=20,pheno.col=10)
Warning messages:
1: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.
2: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.
3: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.互帮互助问答帖
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@风知秋 out.cim.20 <- cim(hyper, n.marcovar=3, window=20) # 指定 3 个标记协变量
Warning messages:
1: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.
2: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.
3: In scanone(cross, pheno.col = pheno.col, addcovar = cbind(useac, :
X'X matrix is singular.
老师，我想问一下这个参数n.marcovar=3只有设置为等于1时才没有警告信息，是什么原因呢，我看您在知乎发的帖子用下面的代码做符合区间作图
mar <- find.marker(hyper, 9, 192.5) # 确定 QTL 附近的标记
g <- pull.geno(hyper)[,mar]
sum(is.na(g)) # 查看该标记处为缺失基因型的个体
g <- pull.geno(fill.geno(hyper))[,mar] # 将缺失的基因型补充完整
g <- cbind(as.numeric(g==1),as.numeric(g==2)) #生成一个矩阵，回交群体内一个位点只有两种基因型，基于基因型将个体分成两组作为协变量
out.ag <- scanone(hyper, addcovar=g,pheno.col=1)
plot(out.em, out.ag, col=c("blue", "red"), ylab="LOD score",lodcolumn=1)
我用的F2群体就在这一步g <- cbind(as.numeric(g==1),as.numeric(g==2),as.numeric(g==3)) 添加了三个值结果就不对了互帮互助问答帖
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博主，我想问一下R/QTL中Additive effect和Dominant effect这两个怎么的得到，还有就是符合区间作图如果是F2这种三种基因型的怎么添加协变量，在多QTL模型中结果参数里est是效应值吗，那这个效应值是加性效应还是显性效应啊，SE是标准差吧（ drop-one 分析中）
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中科院研究生在读，努力学习中
