最近玩幻兽帕鲁，一不小心就半夜12点了，感慨“电子阳痿”了这么久，难得有一款游戏让我玩得停不下来。昨天终于打赢了所有塔主，感觉这游戏差不多没什么玩的了，要进入学习状态，继续准...
IP属地：河南
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为什么游戏停不下来，坚持学习那么难？
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基因选择压力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大规模计算，更快更准！写在前面 来来去去，这个主题相关的，我已经写过很多个推文，甚至还包括与Raindy（福建农林高芳銮老师）合作开发和发表了 EasyCodeML。只能说，确实是一个相对常见但似...
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启动子预测软件汇总
启动子预测软件 Softberry：http://linux1.softberry.com/all.htm UCSC: http://genome.ucsc.edu/ EP...
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使用jellyfish软件利用二代测序数据估计基因组大小参考链接 https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/[https://bioinfor...
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【转录组07】样本表达分布、相关性分析&差异表达分析一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与点之间的空间距离对样本进行类别...
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@生物信息与育种 您在文章中说到最好用ASEReadCounter，但是ASEReadCounter似乎只能获得杂合位点的reads矩阵，而亲本中纯合的等位基因就无法统计了。
等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理
在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？ 这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！多...
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一个人，只要他够胖，哪怕他认真地在看书，都像在点菜.
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组装的基因组） 情况1: 我们可...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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作者您好，请问如果亲本中的等位基因表达量明显偏离1：1，但杂交后的F1代等位基因比又接近1：1这样算不算是ASE呢？
等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理
在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？ 这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！多...
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@请我吃辣条吧 你好，请问最后你是怎么做的呢？
ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
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RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2
参考教程： Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...
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你好，为什么最后得到的结果fdr有很多等于0的呢？
GeneiASE —— ASE检验
在ASEReadCounter完成位点的覆盖度信息计数统计之后，还需要对位点添加基因ID，随后做二项分布和费舍尔精确检验，这里推荐GENEiase软件。 ASE （等位基因特...
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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RNA-seq 分析流程（二）DEseq2 分析差异表达基因
linux分析部分详见RNA-seq分析流程(一)https://www.jianshu.com/p/e8a0be4121b1[https://www.jianshu.com...
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DEseq2 均一化多个处理的样本
我要做一个分析，需要用均一化的数据，学生说之前是需要两两去做DEseq2，然后再做下游分析，我觉得太麻烦。于是摸索了下，DEseq2可以均一化多个样本。代码如下：我这里是8个...
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RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析使用DEseq2循环做多组间差异表达分析 当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要...
