结尾写了
【单细胞高级绘图】11.marker展示_分组气泡图忙里偷闲，整理了一套绘图代码，代码300行，效果如上图所示：其实就是把单细胞转录组中常见的气泡图根据分组信息展开了，代码目前适用于分组后level数目为2/3/4这三种情况。...
发简信
IP属地：上海
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答读者问(8)：如何批量查询marker基因(对应的蛋白)会不会在膜上表达？做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文献，查网站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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【单细胞高级绘图】11.marker展示_分组气泡图忙里偷闲，整理了一套绘图代码，代码300行，效果如上图所示：其实就是把单细胞转录组中常见的气泡图根据分组信息展开了，代码目前适用于分组后level数目为2/3/4这三种情况。...
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如何获取kegg通路的基因列表
如何获取kegg通路的基因列表？相信很多人都有这个疑惑。 哪些时候需要知道通路的基因列表？举两个例子： 在找差异基因这一步，只想针对特定通路的基因去找。可以在找完差异基因后，...
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一个对接CellPhoneDB的R包首先祝大家新年快乐！新的一年paper多多，顺顺利利！ cpplot:Visualize the results of cell-cell communication ana...
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CellPhoneDB三个版本（V2、V3、V4）之间的对比
上个月在小组会上做了一期细胞互作的分享，目前剪了一部分出来。后续还有cellchat、nichenet以及演示的部分，等剪辑好了再发。 视频介绍了CellPhoneDB的： ...
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10套代码让你学会单细胞高级绘图
4000+人次获取代码 高级绘图这个系列已经出了10期了，最开始的出发点是想把用过的不错的代码整理出来，方便自己也帮助大家。从第1篇300+小伙伴领取代码，到第10篇500+...
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【单细胞高级绘图】10.KEGG富集结果的圆圈图本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云-平-台首创(https://www.omicshare.com/to...
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【单细胞高级绘图】09.细胞通讯_两组比较_连线图上周一位读者联系我，让我帮忙发一个绘图的单子。在朋友圈发单后，感兴趣的朋友很多，有十几位还私聊我让我分享一下代码，可见大家还是很感兴趣的。不过等了两天，依旧没有勇士接单，可能...
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【单细胞高级绘图】08.细胞通讯_两组比较_气泡图细胞通讯分析，我很早之前就写过，当时详细介绍了CellPhoneDB的原理、实操、可视化。单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)...
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【单细胞高级绘图】06.feature展示这个图是前两天刚画的。箱型图、散点图、小提琴图组合在一起，档次瞬间上去了。 最近修稿过程中，审稿人提了一个建议，说是在某一张小提琴图上添加点，可以更好反映数据的分布。我理解他...
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【代码更新】01.marker展示_聚类和热图组合之前写了4篇单细胞绘图的进阶代码，反响还不错，每篇都有三四五百人领取代码： 01.marker展示_聚类和热图组合[https://link.zhihu.com/?targe...
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文献(8): 单细胞和空间分析揭示FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用
今天分享的这篇文献上个月刚发表在Nature Communications，主要内容是结合单细胞转录组和空间转录组技术，揭示了FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的互作，及...
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推荐几个细胞注释网站细胞注释是单细胞分析中很关键的环节，初期会比较痛苦，做多了才会悟出一些规律。 我公众号早期写过几篇细胞注释相关的帖子： 单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释 S...
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@FanYang 公粽号回复
04.两组比较_差异基因展示
上一节介绍了两组比较中如何展示差异基因数目，这一节的内容更进了一步，我造了一种图，可以用来表示具体的差异基因。 想象一下你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础...
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【空间转录组】MIA分析之前讲过一篇空间转录组的文献，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空间转录组分析思路。 MIA分析可以用来评估空间上某个...
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@Refrain_9738 可以的
答读者问(7)：关于doublet
问题 怎么去doublet？挑选出某一大类做小类降维聚类的时候，有人仍然会检查一下各种大类marker的表达情况，这一步是否有必要？ 1 最有效的方法还是从上游入手，控制细胞...
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【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway 注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的 注释(s...
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KEGG通路的从属/注释信息如何获取
富集分析经常做，之前只知道GO term有从上到下的层次关系，今天才知道KEGG pathway也有类似的分层关系。 起因是我准备更新一下自己的kegg富集结果展示图，之前一...
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答读者问(7)：关于doublet
问题 怎么去doublet？挑选出某一大类做小类降维聚类的时候，有人仍然会检查一下各种大类marker的表达情况，这一步是否有必要？ 1 最有效的方法还是从上游入手，控制细胞...