前面我们介绍过GO富集分析和结果可视化 1.GO和KEGG富集分析视频讲解[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin...
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【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行 -
富集分析的原理与实现
一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复202...
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单细胞转录组绘图视频教程
我在B站发布了“单细胞转录组绘图”系列视频教程，一共分了9集，共计57分钟，适合入门single cell和想进阶的小伙伴。 1. 数据预处理and肿瘤样本去不去批次 （这个...
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单细胞分析实录(5): Seurat标准流程【在公粽号回复20210105就能看到示例数据了】 前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用Cell Ranger得到表达矩阵[https://www.jianshu.co...
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【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示[https://www.jianshu.com/p/aebb5437e01f])没有涉及到p...
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【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图
之前写过三篇和CNV相关的帖子，如果你做肿瘤单细胞转录组，大概率看过： 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/...
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SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类作者：ahworld链接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
