个别基因的格式可能不太对，如果基因不缺就没问题
mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1、简要说明 mVISTA是常用的叶绿体基因组...
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@9d20ded416d6 环境变量有可能，或者安装的不是activeperl？或者操作系统更新到11了？只是猜测。其它可能性就不清楚了，实在不行换台电脑试试吧，没碰上过。
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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电脑本身的cmd可能有问题，或者不在环境变量里面，或者系统没有权限，或者其它原因，你查询一下cmd是否可以正常打开（win+R）
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不是，这个是blast自带的，不影响结果，不用管
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我也想知道怎么回事
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@雾锁连江 用真实的叶绿体基因名字测试
mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1、简要说明 mVISTA是常用的叶绿体基因组...
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@雾锁连江 应该会影响，做个对照测试一下就知道了
mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1、简要说明 mVISTA是常用的叶绿体基因组...
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@云巅之上 unix系统需要source一下bashrc文件，mac不清楚，试一下看看。不行就百度一下教程，最终确保成功安装本地blast就可以了。
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@一个学习的脑袋 所以说不需要翻译
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@一个学习的脑袋 试一下sequin就知道了，简单的输入输出，动动手的事。其实translation部分上传NCBI的时候不需要。
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不影响。可以通过sequin等工具导入再输出就有了，顺便检查了翻译的正确性。
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@植物FM 好的。rps12提取出来后连接很简单，写个脚本，相同物种名的连接在一起，短的在前，长的在后，然后再比对，当然比对完了再连接也行。
叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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关于rpl2我需要再测试一下，之前没有这种情况，我检查一下是否是由传了不同的脚本的版本导致的。
叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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rps12这个基因比较复杂，我当前没有让它连接起来，想连起来的话需要手动连接。
叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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另外geneious导出来的gb文件是不含这一行的，关键的一行是/gene这个feature，当然基因的坐标也是最重要的。
我的思路就是提取所有物种的基因序列，合并成一个fasta文件，然后根据基因名字拆成需要比对的矩阵。叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
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gb文件应该是没有你说的definition这一行的，从ncbi上下载的gb文件也没见过这一行。
你可以用我公布的提取CDS的脚本对每个物种提取所有基因的序列，然后将所有物种的fasta格式的序列文件合并成一个fasta文件（cat一下就可以，当然得删掉重复的基因序列），然后用我github下一个脚本generate_gene_matrix_from_one_fasta_file生成每个基因的fasta格式的序列文件，接下来比对建树就可以了。叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
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还要注意的是苔藓和蕨类比被子基因多几个，做参考的类群不要漏掉了它们
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@植物FM 可以找一个注释比较好的苔藓植物做参考，也可以同时拿这两个做参考，多试一下吧，注释一个才10几秒钟，比较看看哪种策略更合适。蕨类植物有些类群可能比较麻烦，那就是RNA编辑，估计只能手动检查了。
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这些基因需要注意检查
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
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@大花猫乖乖猫 谢谢，好用就多多推荐和提建议吧😀
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