@小不点打羽毛球 好的，谢谢您！
叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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IP属地：北京
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@小不点打羽毛球 曲老师，您好!问题已经自行解决，根据您提取CDS的脚本，输出结果都是基因名加_加其他信息，我的解决办法是在给出的list里，每个基因名字后面添加_，这样带数字的基因名字变成唯一值了，就没有检索2时把20、21、22这些给检索到一起的情况了。
另外您是否有rps12两段连接的脚本，我现在用的办法比较笨，是从注释基因那一步，把两段rps12改名，提取CDS后，建立单基因矩阵，mafft后，把两个矩阵拼到一起，改名为rps12用。因为我数据量比较大，大于1000以上，所以手动连接不适用我，我从参考基因那一步尝试把两段连在一起，但是注释完别的物种，还是分开的，应该是您PGA程序的某个参数默认设定。叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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曲老师：您好！
冒昧打扰您了，在使用您的PGA注释软件、CDS提取以及单基因提取的脚本时，遇到了一些问题，故特此给您发邮件询问一下，问题如下描述：
1、使用PGA注释时，我发现注释出来的结果（使用您提供的参考gb），rps12这个基因有一段100多bp的编码区，远离另外大致位于反向重复序列上的序列完全相同的rps12编码区。当使用您的脚本提取CDS区时，去除重复后，这一长（300bp左右，末尾是终止密码子）一短（100多bp，开头是起始密码子）编程单独存在的两个序列，无法连成一个完整的基因。
2、在使用单基因提取的脚本时，发现不知什么原因，有些单基因文件里面有其他基因序列，例如提取rpl2时，rpl2的单基因文件里含有，rpl2、rpl20、rpl22、rpl23，但是rpl20、rpl22、rpl23这些文件里仅包含各自的基因。
感谢您的解答！祝您工作顺利。叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取
Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files 一、用途 从注释好的gb格式（GenBank Flat File）...
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@小不点打羽毛球 好的，谢谢您的解答。
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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曲老师，您好，还想请教您一个问题，咱们PGA注释出来的结果，软件能否实现在每个LOCUS的下一行添加DEFINITION的结果，名字默认同LOCUS的一样就可以。因为注释完，用您公布的提取CDS的脚本，后面还得在用其他python脚本把所有物种gb文件按单基因多物种的格式聚集起来，方便后面建树。之前用到金建军老师写的脚本，直接从gb文件里按一个基因所有物种聚集为一个fasta，依次提取所有基因，一步实现之前两步功能，但是金老师的脚本好像是按definition后面的信息提取的，PGA目前注释结果里没有definition这行的信息，Geneious和GeSeq都有这行信息，因此咨询下您，看PGA也能否也呈现definition这一行结果。
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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@小不点打羽毛球 好的，谢谢您
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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我看软件包里自带了裸子植物和杯子植物的参考基因组。并为涉及到苔藓和蕨类这些类群。
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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曲老师，您好，用PGA注释苔藓植物的叶绿体基因组，是否也可以像您说的那样，使用软件包中提供的无油樟作参考注释苔藓的一个研究类群，再用这两个类群做参考，来注释苔藓的其它类群。
叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
