背景知识 创建样本权重是为了考虑复杂的调查设计（包括过度抽样）、调查无响应和后分层（以确保计算出的估计值代表美国平民非机构化人口NHANES复杂抽样导致需要）计算权重The ...
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2022-11-05 权重 -
2022-10-10 Bert模型关注点1：Transformer 1. embedding层：把离散字符转化为数字 ：用于区分 ，1个文本字符对应768维的向量，1个token embeddings输出N（...
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R稀疏矩阵转化稠密矩阵|使用as.matrix()报错：Cholmod error 'problem too large'
在进行一些数据分析是经常会需要将一个数据对象转化为矩阵，以及稀疏矩阵（sparse matrix）和稠密矩阵之间的互化。 问题&报错 在R环境中，用的非常普遍的函数就是as....
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脑转移癌相关髓系细胞大脑很久以来都被认为是一个免疫豁免器官，其含有的免疫细胞含量较少，但在一些病例情况下，例如肿瘤，就会导致免疫细胞的异常浸润，其中从血液中迁徙过来的巨噬细胞和位于大脑原位的小胶...
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脑部肿瘤的免疫微环境图谱2020年，来自瑞士洛桑大学的Johanna A Joyce团队通过全面对比不同类型肿瘤的免疫微环境，展现了不同类型脑肿瘤的免疫浸润特点，回答了几个关于中枢神经系统免疫微环境...
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GATK下游VCF maf可视化
VCF可以通过不同的上游分析获得，在格式上又有一些不同，盲目转化会带来很多问题。查看VCF文件内容可知是通过GATK上游处理得到的。 为了对变异结果进一步进行可视化分析，查找...
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GATK后maftools可视化
#####删除文件的前N行#### tail -n +N Het-158-rawGATK-indel-filter.vcf| head #####合并所有VCF文件####（...
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RNA seq上游分析（简洁版）
环境配置 质检 去接头 比对 得到count值 最终会在目标文件夹下面获得两个文件，counts.txt和counts.txt.summary。在R中进行ID转换即可。
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单细胞个性化分析之细胞通讯篇作者，追风少年i 组织是一个有序的统一体，细胞与细胞之间不是割裂的存在，而是存在频繁的相互作用，这种相互作用，是通过配体细胞表达配体，配体作用于受体和受体细胞，从而引起受体细...
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单细胞测序揭示巨噬细胞和小胶质细胞动态竞争关系今天介绍一篇有关于单细胞揭示在胶质母细胞瘤中，大脑原位的髓系细胞（小胶质细胞）和血液来源的单核-巨噬细胞的动态竞争关系。 背景 免疫检查点抑制剂是目前备受关注的药物，其在脑肿...
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非小细胞肺癌微环境免疫模式用以肿瘤分型和病人分层2021年，Leader等人通过目前最大的非小细胞肺癌的单细胞测序和CITE-seq，对非小细胞肺癌的微环境进行了多组学的分析，最终构建了一个包括驱动突变、新生抗原、免疫状态...
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乳腺癌骨转移微环境辅助精准治疗最近看到一篇单细胞与临床相结合的文章，通过乳腺癌骨转移的肿瘤微环境，提示肿瘤的精准治疗。发表在Ann Oncol. 作为一个临床医生，本文的实验设计和立意非常值得探讨。 本文...
