一 ：hisat2流程 HISAT2安装及使用[https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52527205] hisat2...
发简信
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小麦BSRseq -
如何用WGDI进行共线性分析(上)多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的...
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如何用WGDI进行共线性分析(中)
Ks可视化 我们在上一篇如何用WGDI进行共线性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative-genome-analysi...
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如何用WGDI进行共线性分析(下)
在上一篇教程的最后，我写道「我们能够更加直观的观察到2个peak，基本确定2个多倍化事件」。这里就引出了一个问题，为什么我们可以根据peak来推断多倍化时间？在Lynch和C...
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@NICE_AGIS 随着时间的表达量变化？
Mfuzz进行时序表达聚类分析（Mac）
懒癌的我全靠Jimmy催着学习，4月份答应交这份作业的，离中间被催又过了一个多月，今天完成啦。 数据来源： 拟南芥RNA-seq转录组分析-salmon（Mac版）上游分析为...
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请问您的GATK用的是3还是4？
4中合并gvcf的variant不能用多个变量了BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析
使用工具GATK4。GATK基础RNA-seq分析完整版BSR参考GATK官方RNA-seq calling流程最新版的BSR分析流程流程参考WT 3个单株，混池。三个技术重...
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@徐洲更hoptop 不同的比对软件生成的头文件是否相同（比如：hisat2和bwa）？我做BSRseq用hisat2比对，在用gatk4进行markduplicate的时候报错说我的sam头文件有问题。
SAMtools: SAM格式的处理利器
SAM及其相关工具 SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，...
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我没做过，不知道呢。不好意思哈
WGS分析用breakdancer找染色体结构变异
结构变异(structural variants，SV)结构变异类型:通过pair-ends分析鉴定---插入(Insertion)---缺失(Deletion)---缺失插...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该...
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sam转bam文件报错
在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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跨物种比较（同源基因）
Homolog genes 同源基因是来自一个共同个祖先DNA序列的genes。不同物种中的同源基因指的是直系同源基因（rotholog genes，例如从一个共同祖先基因因...
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西北农林科技大学食品研究生
