作者，Evil Genius 本周开始，我们要开始上空间转录组的系列课程了。 空转可以在单细胞、多细胞或亚细胞分辨率上进行转录组分析，同时保留复杂组织中细胞的几何定位信息。 ...
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空间转录组数据解析方法系统总结 -
课前准备----空间转录组R版本的harmony整合（封装版）
作者，Evil Genius 关于空间转录组的整合分析已经是非常常见了，昨天分享的是python版本，随着数据量不断地增大，R版本的计算效率明显下降，但是作为一种更加具有接受...
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鸡（Gallus_gallus）转录组实战
1 软件安装 https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035[https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035]li...
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如何在t-SNE或UMAP图上展示每个细胞线粒体的UMI比率/Features/nCount数1.载入所需要的包和数据集（GSE174430） 2.每个细胞的线粒体UMI比率 3.每个细胞的Feature数 4.每个细胞的UMI总数
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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Seurat查看不同亚群的高表达基因排行（AverageExpression）2022-06-01
适用背景 虽然单细胞绝大多数时候都关注差异表达基因（DEG），但在分析中途会发现有些奇奇怪怪的基因会在所有细胞中都高表达，所以这篇文章才写了下面这个函数ave_top，用于选...
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空间通过细胞空间排布分析银屑病的严重程度作者，Evil Genius 今天我们复习，文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity ...
