可以直接从文章跳转到官网，然后登记申请，获得docker镜像文件，不过他们也说了，这个软件仅供复现文章
WGS分析笔记（7）—— 新的mapping工具开始之前特别感谢从美国“人肉背回”这两个软件的小伙伴！@Olivia阿仪_鸦雀 之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件，bwa 和 bowtie2，也比较了一下效...
IP属地：上海
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@张二爷 官方的vcf应该是一个类似于公认的标准品，比如千人基因组，本身通过很多方法很研究去获得变异，所以变异信息更为准确
WGS分析笔记（7）—— 新的mapping工具
开始之前特别感谢从美国“人肉背回”这两个软件的小伙伴！@Olivia阿仪_鸦雀 之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件，bwa 和 bowtie2，也比较了一下效...
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@fallenn ID是reads group的分组ID，或者可以理解为lane id，PL是测序平台信息，LB是建库的信息，SM是样本信息，其实就是对于样本的测序信息的记录
WGS分析笔记（2）—— bwa vs bowtie2
更新于2020.10.29 在进行正式的mapping记录之前，先记录一下bwa与bowtie2在mapping这个环节的情况。 一般对于WGS结果的mapping，一般推荐...
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@a7b02a4bd484 可以把fastp的路径添加到环境变量，在你安装的conda环境的bin目录下就能找到
WGS分析笔记（1）—— 原始数据以及质控
更新于2020.10.27 二代测序方式分为三种：single read 单端测序paired-end read 双端测序mate-pair read 配对测序 虽然有三种方...
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@a7b02a4bd484 添加到环境变量了吗
WGS分析笔记（1）—— 原始数据以及质控
更新于2020.10.27 二代测序方式分为三种：single read 单端测序paired-end read 双端测序mate-pair read 配对测序 虽然有三种方...
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工具安装及试用总结：对WES数据做germline的CNV calling（非癌症的疾病研究）（未完。。。）
发现好多CNV calling 工具都好古早。。。安装和试用时关于版本的问题调试比较多。。。所以想把自己遇到的报错贴出来，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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DamID-seq分析笔记（一）pre: 尽量写详细点，方便理解 1：illumia机器测序的方向是3---->5,附上一张图： 我是PE150测序，测序的adapter ：GATCG GAAGA拿到数据的...
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WGS分析笔记（7）—— 新的mapping工具开始之前特别感谢从美国“人肉背回”这两个软件的小伙伴！@Olivia阿仪_鸦雀 之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件，bwa 和 bowtie2，也比较了一下效...
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@hayes_L 直接用的时候无所谓，但我有时候写脚本的时候环境切换还是很麻烦的
WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理
上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call variation之前的处理。 ...
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@hayes_L 谢谢，经验之谈而已
WGS分析笔记（2）—— bwa vs bowtie2
更新于2020.10.29 在进行正式的mapping记录之前，先记录一下bwa与bowtie2在mapping这个环节的情况。 一般对于WGS结果的mapping，一般推荐...
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@waijonsxxxigd 有什么需求可以发给我，我看着要是会的话就更新
WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理
上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call variation之前的处理。 ...
个人介绍
复旦大学研究生在读，方向：神经疾病，基因组学，邮箱：shiyuant@outlook.com，文章完整系列个人主页：tongshiyuan.github.io