------------------------------------TPM 定义---------------------------------------------...
发简信
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从reads counts手动计算TPM -
最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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前辈，有空做个识别gff3的吗😂
如何提取一个基因组中所有intron
最近有个任务需要从基因组中提取所有的内含子（intron）区域。一开始觉得很简单，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一顿猛点应该就可...
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如何提取一个基因组中所有intron
最近有个任务需要从基因组中提取所有的内含子（intron）区域。一开始觉得很简单，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一顿猛点应该就可...
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什么样的背景颜色适合阅读，对眼睛好的阅读背景设置
如何能够给用户提供一个良好的综合体验环境。这一点，今天对站内文章什么样的背景颜色适合阅读的问题进行了一定的研究和测试，希望能找到一些能够让用户读起来比较舒服，对用户眼睛比较好...
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NCBI中编号/编码说明
【NCBI编号】NCBI中编号/编码说明 在日常分析中，我们在NCBI数据中常常见到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各类编号，这类编号分别代表着怎样的含义？我们该如何根据...
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前辈你好！非常感谢您的教程！我在区分不同峰的时候有些疑惑，您的例子里分开的两个峰的纵坐标frequency好像与总图上的比例不同，我注意到ks_area与area这两个参数，您调整的是ks_area，我有点不明白这两个参数区别是什么
如何用WGDI进行共线性分析(下)
在上一篇教程的最后，我写道「我们能够更加直观的观察到2个peak，基本确定2个多倍化事件」。这里就引出了一个问题，为什么我们可以根据peak来推断多倍化时间？在Lynch和C...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！写在前面 Emmm，前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息，大体意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更...
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exonerate安装
目前搜不到exonerate安装教程，但涉及本人使用，安装也顺便写了。 wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebratege...
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2020-07-16 解决samtools报错：error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0
今天想使用samtools时突然报错： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0:...
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前辈您好！我现在组装的基因组有一个让人很头疼的问题就是重复序列很多，我重新研究了下genomescope预测的结果，发现了这样的情况：当只将出现小于1000次的K-mers纳入统计时，预测基因组大小为213.6Mb；当将出现小于100000次的K-mers纳入统计时，预测基因组大小为255.5Mb，而gce预测的在270Mb。
随后我将canu组装出的月260Mb的contigs使用purge_dups去除冗余后，发现只剩214Mb左右的碱基了，hap.fa中多数都被标注为HAPLOTIG和REPEAT。
请问您这种情况该如何取舍呀「基因组组装」使用Canu2.0版本的需要注意一个重要改动
在GitHub上向作者请教这个问题后，作者的答复是：旧版Canu其实没有真正的检测到bubble，因此contig其实包含着buble，建议后续分析要用purge_dups ...
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conda 创建/删除/重命名 环境
创建新环境 删除环境 重命名环境 conda 其实没有重命名指令，实现重命名是通过 clone 完成的，分两步： 先 clone 一份 new name 的环境 删除 old...
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耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。 这个代码，给我们4个提示： fast...
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前辈我想请教下, 我遇到了个前一个峰比第二个峰还高的情况, 但是与模拟的杂合度为2%的峰型一致, 我该怎么判断是杂和峰还是重复峰呀
kmer分析的几款软件介绍
1.jellyfish 运行jellyfish 2.使用 GCE 进行基因组大小评估 GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 两支程序。前者用于进...
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kmer分析的几款软件介绍1.jellyfish 运行jellyfish 2.使用 GCE 进行基因组大小评估 GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 两支程序。前者用于进...
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jellyfish:快速计算kmer分布
欢迎关注"生信修炼手册"！ jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下： http:...
