请问JuncBASE软件怎么安装呀？
三代测序人物系列 | Angela N. Brooks在做三代测序全长转录组分析工具调研时，记录一些和三代测序工作相关的实验室和PI，那就先从开发FLAIR软件的实验室开始吧！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
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三代测序人物系列 | Angela N. Brooks在做三代测序全长转录组分析工具调研时，记录一些和三代测序工作相关的实验室和PI，那就先从开发FLAIR软件的实验室开始吧！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
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生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因
在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
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phylophlan3使用(更新)
下载、安装 软件运行配置文件无需基因组fna或者faa文件基因组是fna，配置文件（下一步速度慢，不推荐） 基因组翻译后的faa（速度更快，推荐使用），配置文件。 参数 -o...
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2021-03-02上古软件silix的安装因为项目需要，安装一个非常古老的软件 silix，想要安装的版本1.2.9已经是14年的产物了。网址：http://lbbe.univ-lyon1.fr/-SiLiX-?la...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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【群体遗传】选择信号分析-Fst、Pi1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
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GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具Introduction GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个专注于基因组分类学的数据库，旨在提供高质量的细菌、古细菌、叶绿体和线粒体的分类信息...
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「生信」同源基因分析——OrthoMCL目录介绍环境配置OrthoMCL使用统计聚类结果最后 介绍 OrthoMCL是一款直系同源基因聚类软件, 它不仅能得到多个物种共有的直系同源基因, 还能够分别获得不同物种特有...
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一文看懂AlphaFold2&3输出结果的json文件内容2024年诺贝尔化学奖揭晓，一半授予大卫·贝克（David Baker），以表彰他在计算蛋白质设计领域的卓越贡献；另一半则由德米斯·哈萨比斯（Demis Hassabis）和...
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10分钟获得小分子三级结构(.pdb)开心，打开公众号后台竟然有700粉丝咯，感谢大家的关注和分享，公众号日更永不断~~~ 获得本文所需软件：在生信星球公众号(文末有二维码)后台回复：”小分子结构"，包括chem...
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AlphaFold3（AF3）使用指南AlphaFold3（AF3）既可以通过在线平台使用，也可在本地部署运行。在线平台开箱即用，每个账号每天最多提交20个预测任务。AF3 最大的亮点在于它可以预测由蛋白质、核酸...
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RNA-seq数据的基因共表达网络分析刘小泽写于18.10.24最近开始写第一篇英文小论文，练练手，为将来写英文大论文做准备 目录 1 背景 Background Types of biological netw...
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RNA-SEQ（五）：热图热图 题目：关键差异基因做热图。 目的****：对比qPCR与测序结果中基因的表达变化趋势是否吻合。 内容： 在RNA-SEQ差异表达的基因数据中筛选目的基因。 2．用原始c...
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7 如何画一张美丽的热图？首先来了解一下什么是热图，印象中热图就长这个样子（图片来自好朋友的文章，问过，给我借用）。它可以表达什么信息呢？ 热图的用途一般有两个：以RNA-seq为例，热图...
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进化树美化软件figtree的使用老师虽然只让构建ML和贝叶斯进化树，没有要进一步美化进化树，自己先学着，为以后使用留个底。我使用的软件是figtree v1.4.4,具体使用步骤如下：第一步，导入树文件，可...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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2024-03-01 全基因组circos图到底怎么画---使用R包circlize。
circos可以说是基因组文章必备的主图了。现在也有好多教程，先分别探讨下个人喜好点。 circos的软件。看官网的图，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白会很痛苦。因为他...
