DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步：安装。1、传统方式安装 麻蛋，报错了！！！！为什么受伤的总是我。 2、开启查阅资料模式，然后得到的结论是这个包的安装需要利...
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R语言安装DESeq2包
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DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载导读 1. DDBJ数据库简介 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA 数据库之一。...
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Hisat2的使用说明一、比对原理 原文：HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. 摘要 1、Hisat是一种高效的R...
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Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？ 本期将介绍几个相关的数据库，并举例演示如何查找和下载到想要的参考...
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二代转录组可变剪切(AS)分析1.背景知识 1.1什么是可变剪切 可变剪切（differential splicing）也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成...
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在phytozome13 上面搜索下载物种基因组数据，进行基因家族分析1. 在phytozome13 上面搜索下载物种基因组数据 首先登录phytozome13 （https://phytozome-next.jgi.doe.gov/），注册一...
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都2020年了，我不允许你不会用phytozome数据库嗨嗨，好久不见，太久没有更新啦。前几天和老师讨论实验的时候，他提到了这个数据库挺方便，之前只是听说过，没有研究过怎么用，回来之后我就仔细看了下，今天顺便记录一些基本操作哈。 ...
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figtree 简洁好用绘制进化树 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装不时，我们手上会拿到一些进化树或聚类树文本，往往是 newick 格式，比如 其中记录了不同单元的关系远近。可视化进化树，可以让我们更直观地进行分析。可选的软件有很多，但其中...
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追鲨鲸魂——三篇文章共解地球上吨位最大鱼类基因组
原创：montreal生信人2018-11-19 鲸鲨，是人类已知最大的现存鱼类动物。记录到的最大尺寸为12米长，21.5吨重（数据来自维基）。分类上讲，其属于鱼总纲下面的软...
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系统发育常见软件与在线工具合集
本篇文章是为了记录本人在系统发育实验和数据分析过程中，所使用过的以及部分未使用但如雷贯耳的软件的集合。当然，相对于整个系统发育软件之汪洋大海，此处不过一滴水！ 1. 数据获取...
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使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树
虽然简单，但绝对首发……该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！ modeltest-ng 的速度是真的飞快！modeltest-ng 和 r...
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PhyML linux使用
生信软件：phyml - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/5514e1343d36]Linux中$PATH详解_虽迟但到...
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CellChat使用
1、软件的功能 CellChat主要可以做2部分工作： 1）受体-配体互作。CellChatDB包含人类和小鼠中具有文献支持的配体-受体互作关系，包括多聚体和辅酶因子； 2）...
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基于基因表达数据通过mMCP-counter估计小鼠样本组织浸润免疫和基质细胞组成引言 在生物信息学分析中，相信目前估计样本免疫细胞浸润是必不可少的。目前，在R中有多种方法可以实现上述目的，例如ESTIMATE、CIBERSORT、xCell、MCPcou...
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Mouse Genome Informatics（MGI）：小鼠基因组信息数据库MGIMouse Genome Informatics（MGI） 网址： http://www.informatics.jax.org/[http://www.informatic...
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RNAseq分析如何选择 参考基因组 和 gtf
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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Rtools的安装与配置
1.下载相对应R版本的rtools，我的是R v4.2.1故而下载rtools为RTools42 RTools: Toolchains for building R and ...
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ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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GSEA | 基因富集分析软件下载网址： 不需要设置阈值过滤基因，有助于我们从整体通路分析差异。 一. 数据准备 1.数据集（tpm_bulk.gct）：你需要分析的表达矩阵，建议bulk数据用tpm...
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2020-02-27 R读取.gct文件
下午有个客户用GEO的数据放到TCGA的脚本运行，查了半天才得知这个问题 最后帮他改通脚本，但跑出来的结果行名不对再次查找问题，发现是.gct文件的行名没有改成gsm的 以下...
