许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析 -
paml计算dn/ds的小实例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的计算，自己尝试了分支模型和位点模型的计算，简直不要太容易！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
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hyphy计算选择压力(+pal2nal的使用)官网：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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2022-02-24 MATTF处理师姐的数据作氨基酸频率图。因有两组样本，单个样本的CDR3序列有5000+条，muscle只能支持<500的序列，故试用MATTF处理大量序列。安装MAFFT要先安装Ub...
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MEME Motif分析的并行运算
MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要...
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MEME 的安装和使用MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。MEME包含多个小工具，如 MEME、STREM...
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桑基图绘制（sankey diagram）R常用的方法有：ggalluvial[https://www.jianshu.com/p/148ca7c7af59]sankeyNetwork[https://www.jia...
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比较基因组共线性分析（一）：共线性点阵图到ks计算My blog site:https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://word...
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第十七章 基因组注释
蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性，评估组装质量，这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...
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「基因组」基因共线性可视化（待更新）软件 1.JCVI2.NGenomeSyn3.synvisio在线工具：链接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.git...
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优雅 | 比较两条蛋白序列？快~准~狠！写在前面 Emmm，前两天已经推送过了。两三年间，我尝试了数次，希望实现到几乎完美的双序列比对逻辑。尽管可能有朋友会说，不就是“动态规划”，简单的Needleman Wuns...
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基因组注释--重复序列注释（二）：RepeatMasker安装与使用
前言 RepeatMasker是一个通过已有数据库预测重复序列的软件，依赖于RepBase数据库和第三方比对软件（RMBlast、Crossmatch、HMMER、ABBla...
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RepeatMasker注释重复序列二RepeatMasker二.再次学习 2023年3月16日 9:28 近期通过看文献和接触到的新的重复序列注释工具，对RepeatMasker的使用理解加深了一点点，对重复序...
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根据GFF3文件统计外显子大小和数量以及内含子大小
每个基因的外显子起始与结束的位置，保存为1.txt,注意需要打开1.txt编辑删除第一行的空行 计算每个外显子的大小 计算每个内含子的大小 统计每个基因外显子的数量
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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基因组注释--重复序列注释（一）：Trf软件安装与使用
前言 动植物基因组注释包括重复序列注释以及基因结构注释，重复序列注释是注释中非常重要的环节，主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScou...
