以下只用到了R中的ape包 1. 从BirdTree下载大量树文件 有Hackett和Ericson两种backbone。文献中见到的更多的是Hackett。 一个文件是10...
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如何获得BirdTree的一致树（consensus tree）
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选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...
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Pfam-A数据库（pfam35.0）使用记录文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 更多说明：http://www.chenlianfu.com/?p=2274[http://www.chenlianf...
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NCBI BLAST进行引物的特异性筛选NCBI BLAST进行引物的特异性筛选 目录 1.Primer-Blast介绍 [https://www.jianshu.com/writer#_Toc28887] 2. ...
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orthofinder安装及使用教程安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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【比较基因组学】基因家族扩张与收缩分析前言：因为最近陆陆续续接手了几个物种的基因组项目，这也是生信分析中很大的一块。其中最基础的是组装和注释（当然我们实验室也做组装方法学的研究）。现在随着很多物种基因组的发表，纯...
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