许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析 -
paml计算dn/ds的小实例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的计算，自己尝试了分支模型和位点模型的计算，简直不要太容易！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
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hyphy计算选择压力(+pal2nal的使用)官网：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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2022-02-24 MATTF处理师姐的数据作氨基酸频率图。因有两组样本，单个样本的CDR3序列有5000+条，muscle只能支持<500的序列，故试用MATTF处理大量序列。安装MAFFT要先安装Ub...
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MEME Motif分析的并行运算
MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要...
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MEME 的安装和使用MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。MEME包含多个小工具，如 MEME、STREM...
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桑基图绘制（sankey diagram）R常用的方法有：ggalluvial[https://www.jianshu.com/p/148ca7c7af59]sankeyNetwork[https://www.jia...
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比较基因组共线性分析（一）：共线性点阵图到ks计算My blog site:https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://word...
