在做三代测序全长转录组分析工具调研时，记录一些和三代测序工作相关的实验室和PI，那就先从开发FLAIR软件的实验室开始吧！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
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三代测序人物系列 | Angela N. Brooks -
生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因
在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
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phylophlan3使用(更新)
下载、安装 软件运行配置文件无需基因组fna或者faa文件基因组是fna，配置文件（下一步速度慢，不推荐） 基因组翻译后的faa（速度更快，推荐使用），配置文件。 参数 -o...
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2021-03-02上古软件silix的安装因为项目需要，安装一个非常古老的软件 silix，想要安装的版本1.2.9已经是14年的产物了。网址：http://lbbe.univ-lyon1.fr/-SiLiX-?la...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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【群体遗传】选择信号分析-Fst、Pi1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
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GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具Introduction GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个专注于基因组分类学的数据库，旨在提供高质量的细菌、古细菌、叶绿体和线粒体的分类信息...
