生信博士生一枚，分享科研代码，经验。推文一般很长，努力将一个问题讲全面，感谢你的耐心阅读。
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Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch...
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R: adonis进行permannovaadonis文档：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
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通过ggplot2中stat_summary函数快速进行数据统计如何灵活，快速地可视化置信区间、标准误差以及变量的均值和中位数 本节将详细介绍stat_summary函数的应用,喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南[https...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图
GO-Figure! 是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据...
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利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息
最近手头处理一批代谢组数据, 想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析...
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利用abbrevr包批量输出期刊缩写有时候用endnote导入文献后显示的是期刊全称，而用到缩写时候就需要去一些网站上一个个搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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R语言绘制组间比较散点图并自动添加P值信息
查询ggprism包使用时候发现官网给出的一示例图比较常用，这里记录学习一下。 加载R包准备数据 注意两个细节： tools::toTitleCase可以替换字符中每个单词的...
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宏基因组之基因丰度计算目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比对软件，另一种是不比对快速估计基因丰度，可以用近俩年来流行的...
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分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP文章介绍 1| 标题：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
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Linux下bowtie2安装(非conda)和配置
conda安装更好，但这种方法也要学会，因为并不是所有软件都可以conda安装，如果要看conda下安装NGS软件，请看我以前的这篇：用conda安装RNA-seq所需要的工...
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linux中shell终端ls颜色配置
ubuntu中没有LS_COLORS，/etc/目录中也没有DIR_COLORS，所以这里使用dircolor命令加以解决 1. 利用dircolors命令，查看我们的系统当...
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linux中Trimmomatic安装与使用
trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具，可以是单条的single reads，也可以是成对的pairend reads。支持压缩格式数据。功能和其...
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大概是16S从实验到数据分析最全流程了吧原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433[https://www.sohu.com/a/270075112_99971433]...
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nr/nt taxonomy scientific name转载原创作者：风风是超人原文链接：https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327[https://bl...
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宏基因组分箱（五）Metawrap计算Bin丰度导读 用Metabat2分箱的方法见：宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战[https://www.jianshu.com/p/72a60906d9a7]。本篇将展示用...
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16S测序分析（五）用RandomForest寻找关键细菌导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...
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宏基因组分箱（六）Prokka基因预测，注释COG、EC、RNA导读 prokka注释细菌基因组，获得该基因组的CDS、Gene、RNA、EC、COG等注释信息。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
