Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch...
发简信
IP属地：浙江
-
Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程 -
R: adonis进行permannovaadonis文档：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
-
通过ggplot2中stat_summary函数快速进行数据统计如何灵活，快速地可视化置信区间、标准误差以及变量的均值和中位数 本节将详细介绍stat_summary函数的应用,喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南[https...
-
基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图
GO-Figure! 是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据...
-
利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息
最近手头处理一批代谢组数据, 想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析...
-
利用abbrevr包批量输出期刊缩写有时候用endnote导入文献后显示的是期刊全称，而用到缩写时候就需要去一些网站上一个个搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
-
R语言绘制组间比较散点图并自动添加P值信息
查询ggprism包使用时候发现官网给出的一示例图比较常用，这里记录学习一下。 加载R包准备数据 注意两个细节： tools::toTitleCase可以替换字符中每个单词的...
-
宏基因组之基因丰度计算目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比对软件，另一种是不比对快速估计基因丰度，可以用近俩年来流行的...
-
分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP文章介绍 1| 标题：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
