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tidyverse是一个连贯的数据包操作系统，用于数据操作，探索和可视化，具有共同的设计理念。这些主要是由Hadley Wickham自己开发的，但现在正由几个贡献者扩展。T...

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3.1人类微生物组数据研究的主题和统计假设 目前的微生物组研究主要有两个主题：(1)描述微生物组特征与生物、遗传、临床或实验条件之间的关系；(2)确定与微生物组组成相关的潜在...

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2.1 微生物组数据 微生物组数据是通过16SrRNA基因测序和宏基因组测序产生的。生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可...

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10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析导论） ①什么是成分数据？ 根据韦伯斯特第二版新大学词典，作文是“将部分或元素...

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在进行回归分析时，通常都是考察多个X对Y的影响，但有时复杂的研究也会涉及研究多个X对多个Y的影响，尤其是数据存在当自变量存在多重共线性问题时，普通的多元线性回归无法很好的解决...

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导读 主成分分析（principal component analysis，PCA）是将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法，是常用的数据降维手段...

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其实不论是PCoA还是PCA图均是用散点图来展示结果PCoA和PCA的结果，PCoA和PCA准确来讲是数据降维分析方法。顺便值此佳节，祝福各位和“科研”都能够拥有幸福时光和美...

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 在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...

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大学的时候，我的《概率论和数理统计》这门课一共挂过3次，而且我记得最后一次考过的时候刚刚及格，只有60分。你可以想象我的《概率论》这门课学的是有多差了。后来，我工作以后，在学...

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简介 宽数据：宽数据是比较常用的数据收集与储存样式，第一行一般是表头数据，表示观测项目名字，如温度、pH、风速等。每一列包含所观测到的数据。 长数据：长数据是分析绘图中可能会...

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一般来说，PCA分析2个图够了，以iris数据为例，在经过PCA分析后，我们可以得到第一章碎石图，表示PC1，2，3，4的特征向量值，可以据此选择保留的主成分（通常选择特征向...

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T检验 在做微生物群落分析时经常要寻找不同群落之间的差异，我们会经常关心两个或者多个群落之间是否显著不同。就两个微生物群落间的比较，T检验是最常用的方法之一。 本次推文主要内...

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一、多样性指数介绍 多样性指数：是指物种多样性测定。 主要有三个空间尺度：α多样性，β多样性，γ多样性。 每个空间尺度的环境不同测定的数据也不相同。 α多样性：主要关注局域均...