一、数据处理 1、数据导入 step1：单击【文件】-【打开】-【数据】，弹出【打开数据】对话框。在左上角的【查找范围】找到文件所在位置，下方【文件类型】右侧下拉菜单中根据文...
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SPSS-描述性分析 -
计算RSCU值并绘图1.计算RSCU值 可以直接用pip安装CAI 自己写个RSCU.py计算RSCU值，当然你也可以通过在线版EMBOSS[http://www.bioinformatics....
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选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...
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Fst、PI、TajimaD值的计算Fst值的计算 群体间分化指数fst,取值范围0~1，值越大表明群体间分化程度越高，亲缘关系越远。 这个窗口大小和步长不影响结果 曼哈顿图 首先上传数据，每列数据类型都为数值...
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vcftools 计算 pi、fst、tajima's D
计算每个位点的多态性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自己的重复过程： 论文：comp...
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系统发育树构建简明教程1. 前言 构建一棵系统发育树是研究系统学和进化的基础。然而，发育树的构建是对分类单元进化历史的推测，因此对发育树的可靠性检验也是重中之重。一棵发育树的获得大致分为数据输入、...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
