一、数据处理 1、数据导入 step1：单击【文件】-【打开】-【数据】，弹出【打开数据】对话框。在左上角的【查找范围】找到文件所在位置，下方【文件类型】右侧下拉菜单中根据文...
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SPSS-描述性分析 -
计算RSCU值并绘图1.计算RSCU值 可以直接用pip安装CAI 自己写个RSCU.py计算RSCU值，当然你也可以通过在线版EMBOSS[http://www.bioinformatics....
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选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...
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Fst、PI、TajimaD值的计算Fst值的计算 群体间分化指数fst,取值范围0~1，值越大表明群体间分化程度越高，亲缘关系越远。 这个窗口大小和步长不影响结果 曼哈顿图 首先上传数据，每列数据类型都为数值...
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vcftools 计算 pi、fst、tajima's D
计算每个位点的多态性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自己的重复过程： 论文：comp...
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系统发育树构建简明教程1. 前言 构建一棵系统发育树是研究系统学和进化的基础。然而，发育树的构建是对分类单元进化历史的推测，因此对发育树的可靠性检验也是重中之重。一棵发育树的获得大致分为数据输入、...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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进化树在线制作工具iTOL教程（1）：基本操作使用界面 与Evolview一样，可以注册后使用，也可以白嫖，点击upload即可上传树文件 基本操作 右侧controls负责对进化树进行修改： basic主要负责修改树的...
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进化树美化——evolview基本命令速查与教程EVOLVIEW能干什么？ Evolview是一款强大的进化树在线编辑软件，使用它可以制作出高颜值的进化树，网站地址为https://evolgenius.info//evo...
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使用iTOL美化进化树
小编之前写过一篇使用“ggtree" 快速美化进化树的文章（使用ggtree对进化树进行分组美化 - 简书），但是有好多同学反映不会使用R语言，很难读懂那些代码。于是，小编又...
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Iqtree2：新模型高效构建系统发育树
系统发育推断（phylogenetic inference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighbor joining）、最大简约法（maximum ...
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MEGA导出蛋白编码序列第1,2位密码子2021-01-241.准备一个密码子比对好的序列 2.使用MEGA打开选择分析模式 3.选择核酸序列 4.询问是不是编码蛋白序列，选择“是” 5.选择序列物种类群密码子表，我选择的是5号无脊椎...
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linux脚本 | 去除系统发育树的支长和节点信息介绍 系统发育树文件通常带有支长和节点信息，如遗传距离、位点数、支持率、分化时间等等，生成这样的信息一般是通过软件基于序列信息计算得到的。而在某些情况，我们需要删除这些信息，...
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Linux查看软件包安装目录及位置
linux系统中，软件一般默认安装在“/usr/share”和“/usr/local”这两个路径下。想知道系统下安装了哪些软件包，以及软件包具体安装在哪个目录下，可以用以下6...
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使用partitionfinder分区建系统发育树当我们用多个串联基因建树时，如果把多基因串联数据看做一个整体，只计算整体的核苷酸替换模型及参数，那么就是不分区建树，操作方法和单基因的建树相同，具体的操作方法参照之前写过的文...
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如何用PPT设计绘制一个分割型圆弧图缘起：看到这样一张PPT，大家有没有想过这个分割型的圆弧的形状是怎么做成的呢？ 首先我想到的是插入形状，但是我去形状里面找啊找，也没有找到这样的形状啊。那只能另辟蹊径了。 第...
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小Tips||如何提取论文中的高清图片？
我们平时在做各种汇报的时候，经常会引用各种图表，部分文章会单独提供图表作为补充材料，而大多数文章会把图放在原文中，我们在提取的时候，多采用截屏的方式，清晰度往往会比较低，不仅...
