前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
发简信
IP属地：上海
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用以判断选择压力的Ka/Ks的计算 -
sam/bam格式：源于别人的最全的写在前面 以下摘自别人简书；因为我懒，或者你看：chrome-extension://cdonnmffkdaoajfknoeeecmchibpmkmg/assets/pdf/...
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NGS数据比对之BWABWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/]主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先为大型参考基因组建立索引，然后将rea...
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基因家族鉴定与分析关于基因家族鉴定及表达分析步骤，包括数据的获取，软件的使用，步骤流程。需要批量的重复步骤可使用脚本来完成。 1.1 此页面下载 hmm文件 1.2 blastp 比对鉴定...
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【小提普】Linux查看文件分隔符
如果你想知道Linux里某个文件的分隔符都是什么，最便捷的方法就是打开文件看看啦，但有时候也会看错，或是文件太大搜索某个分隔符耗时太长。 用程序员的方法看就是下面酱紫啦
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eQTL归纳几篇eQTL相关文章。 1.转自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四种软件的实践操...
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R包ggplot2画散点图+循环批量画+一些基本设置之前画图用的都是师兄写好的流程，这次需要自己画一些简单的图了，中间涉及学到的一些小知识就都放这里啦，初学者，内容不是很全。 library（ggplot2）#这个应该都知道，...
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R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件
这是我第一次写简书上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科...
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python爬虫系列之 xpath实战：批量下载壁纸一、前言 在开始写爬虫之前，我们先了解一下爬虫 首先，我们需要知道爬虫是什么，这里直接引用百度百科的定义 网络爬虫（又被称为网页蜘蛛，网络机器人，在FOAF社区中间，更经常的...
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python爬虫系列之 xpath：html解析神器
一、前言 通过前面的文章，我们已经知道了如何获取网页和下载文件，但是前面我们获取的网页都是未经处理的，冗余的信息太多，无法进行分析和利用 这一节我们就来学习怎么从网页中筛选自...
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linux下R的安装（conda）出于各种原因，我想自己下个R，想要的版本是3.6版本的R，下载方式是通过conda下载，安装在了自己的home目录下，下面是具体过程，参考了：https://www.jian...
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wget命令下载文件时，网址后自带的%OD
问题： 昨晚用wget下载文件的时候，不知道为什么，网址最后总是带上%OD，导致no found。 事件过程： 1、过程截图木有了，当时用的wget命令如下（-c表示断点传续...
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biostar第八课 Blast
Blast Blast有好几个工具，blastn,blastp,blastx还有tblastn，tblastx blast 是干啥的 就是你有一条query的reads，他帮...
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snpEff注释vcf关于snpEff：SNPeff比bcftools具有更多的注释功能。snpeff是用于变异注释的软件，其中的eff是effect的意思，也就是变异的影响，虽然叫做snpeff...
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linux命令-持续更新ing目前用到的都是比较简单的，但是因为是想起来或者说用到了就来补，所以比较乱...： 一、cut linux cut 命令提取指定列 - 简书 (jianshu.com)[htt...
