笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table -
我不是很懂这个，应该图层的分辨率应该是数据下载导入的时候定的，我这里下载的30s的，还可以下载2.5m,5m,10m分辨率的数据。
根据经纬度获取气候因子 | Worldclim + ArcMap
工具准备 ArcGIS Desktop下载安装 软件的下载和安装自行解决，可参考文末提供的参考资料。 Worldclim数据下载 可以从Worldclim官方网站上查找到历史...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
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基因组组装----SOAPdenovo21.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
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测序中加入Phix的作用
转自http://www.zxzyl.com/archives/789 测序中加入Phix的作用 测序建库的时候，会加入一定比例的Phix，那么Phix文库有什么作用呢，我转...
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16S扩增子之Vsearch使用
1.概览 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.质量控制（fastx_filter） 去冗余与聚类生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小
测序数据比对结果 BAM 文件用 samtools 进行 sort 之后发现体积变小了...当时怀疑是不是 sort 过程中有一部分 reads 被丢弃了？于是统计了一下原始...
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Metabolic interaction models recapitulate leaf microbiota ecology
微生物形成和植物健康和0生态系统功能密切相关。在环境背景下决定物种丰度机制不清楚，由于在植物叶际资源可用有限性，了解微生物分布和代谢能力可以为猜测物种间相互作用的奉献程度、植...
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宏基因组数据分析流程代码熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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扩增子分析：qiime2平台全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供...
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Gephi 官方手册：一款关系可视化网络图工具的简明教程Gephi 和网络图 今天要分享的一款网络图工具：Gephi。 你可能没听过 Gephi，但说起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在这两款的数...
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看这个描述说是没有tab_table()函数，应该是没加载对应的包。
phyloseq包的使用
参考资料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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R包ggseqlogo |绘制序列分析图
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图...
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还在用QIIME1，你就OUT了，快来试试QIIME2吧！QIIME2是微生物分析流程QIIME1的全新版。QIIME2在解决了QIIME1存在的局限性（比如序列降噪，结果可视化等）的同时，也继承了QIIME1强大且应用广泛的特点，...
