Gene-based annotation ANNOVAR的一个功能是生成基于基因的注释。通过基因相关注释，可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。确定SNP或...
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【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation
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9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot画曼哈顿图时遇到一个bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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@你事我永远的花喵 你好，感谢告知，请问拟合曲线是怎么画呢？
我的LD衰减图为什么没有衰减趋势呢
您好，根据您的教程做GWAS分析，受益匪浅，但为什么我的LD分析没有衰减趋势呢
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@Wei_Sun 检查过了，看似文件没什么问题，您能看下我主页的文章吗，里面有我画出的图，很奇怪，没有衰减趋势
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay
关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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为什么我的LD图画出来非但不衰减，反而呈上翘趋势😂
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay
关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
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请问为什么我计算出来是0 variants呢
9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC
常用的显著性阈值确定方法是：Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）...
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R语言学习，数据分析，数据可视化<br>有趣的软件分享
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@Wei_Sun 十分感谢！
3.4 GWAS：遗传力计算
遗传力又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值，可以作为杂种后代进行选择的一个指标。遗传力分为单株遗传力、家系遗传力、小区遗传力、个体遗传力。动物中一般用个体遗...
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[R构建函数基础篇] 计算多样性指数及绘图本节来介绍如何R来自定义构建函数来进行多样性指数计算及绘图 加载R包 导入数据 定义函数计算多样性指数 导出指数计算结果 整理绘图文件 在此选取我们需要的数据来进行展示 定义...
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你好，我想请问三个区间每组5重复，r的值不应该算是15吗？我没有设置区间，只做了5重复，r按照5来算，得出的结果好像有点不对😢
3.4 GWAS：遗传力计算
遗传力又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值，可以作为杂种后代进行选择的一个指标。遗传力分为单株遗传力、家系遗传力、小区遗传力、个体遗传力。动物中一般用个体遗...
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走一遍call snp流程流程主要参考https://www.jianshu.com/p/859c0345624c[https://www.jianshu.com/p/859c0345624c] 工具...
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