Gene-based annotation ANNOVAR的一个功能是生成基于基因的注释。通过基因相关注释，可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。确定SNP或...
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【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation
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9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot画曼哈顿图时遇到一个bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
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[R构建函数基础篇] 计算多样性指数及绘图本节来介绍如何R来自定义构建函数来进行多样性指数计算及绘图 加载R包 导入数据 定义函数计算多样性指数 导出指数计算结果 整理绘图文件 在此选取我们需要的数据来进行展示 定义...
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走一遍call snp流程流程主要参考https://www.jianshu.com/p/859c0345624c[https://www.jianshu.com/p/859c0345624c] 工具...
