2021.02.14今天收集了三个与谱系分化有关的单细胞高级算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它们...
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单细胞谱系分化高级算法 -
EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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单细胞smart-seq2建库原理应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案，但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技...
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【转录组07】样本表达分布、相关性分析&差异表达分析一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与点之间的空间距离对样本进行类别...
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单细胞 & 空间整合去批次方法比较作者，追风少年i hello，大家好，没有最好，只有更好，因为单细胞这张关系网越来越大了。 今天继续回答粉丝提出的问题，关于多样本整合方式的问题，方式有很多种，我先把常见的列...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决
问题 安装R包（ade4）时遇到以下问题（缺少库文件）： 从报错信息可以看出报错根本原因是找不到lapack和blas库（-l 是lib的意思，xxx是库名） 问题解决： 1...
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DoHeatmap画热图时应该注意的点日常瞎掰 通过标题大家已经知道今天我们分享的主要内容了。DoHeatmap这个函数来自于Seurat包，处理过单细胞的人应该都知道这个函数就是用来画每个cluster的m...
