一、巨噬细胞 1. Cre工具鼠 Cre工具鼠是通过在小鼠marker基因位点敲入Cre/CreERT2或者Dre/DreERT2元件构建而成。Cre工具鼠跟特定的flox小...
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答读者问(8)：如何批量查询marker基因(对应的蛋白)会不会在膜上表达？做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文献，查网站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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听说你想要TCGA的新版miRNA表达数据
TCGA的下载方式更新了，miRNA也跟着动一下。 1.查看TCGA的33个癌种 2.下载数据 使用的是TCGAbiolinks里面的函数，受网络限制，有可能下载不成功。 3...
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Tangram 空间转录组教程（二）前文提到Tangram在基于mapping的步骤，有两种方式: mode = "cluster"：速度快，占用内存少，适用于空转和单细胞数据来自不同样本情况下。 mode =...
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Tangram 空间转录组教程（一）什么是tangram？ tangram是一种映射单细胞表达谱数据到空间表达谱的方法，它收集同一解剖区域或者组织类型的单细胞数据和空间数据。通过整合，该方法在scRNAseq表...
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胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI今天给大家介绍一篇2022年1月发表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章。本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的G...
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TCGA的微卫星不稳定性数据获取和可视化1.背景知识 在一篇文章里看到了微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）与riskscore的关系图，就去查了一下，很好的背景知识资料：...
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空间转录组之空间基因和细胞轨迹作者，追风少年i~ hello，又是一周，新的开始，今天的内容简单，逻辑图如下 大家可以看的出来，空间转录组运用的是BGI平台，Stereo-seq，研究的重点就是空间区域的...
