自己在参考大牛的基础上，总结了RNAseq比对流程pipeline脚本。在做好前期准备工作后，可以一步完成从fastq到表达矩阵的所有步骤，目前仅支持human Bulk R...
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RNAseq比对流程pipeline脚本 -
NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出在之前学习snakemake的基础上，这里重新又对之前编写的pipline进行了优化，只需要在config.yaml中输入相应的samples，以及参考基因组路径，即可以得到...
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PCA原理解读和绘制方法⚠️该教程的PCA绘图基于ggplot2，可以根据ggplot2语法对图片进行额外的修改和保存。 1. 基础 PCA：全称Principal Component Method...
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Linux服务器硬件情况的查看
对于服务器配置的大概情况 一、首先是偏硬件的说明 1、首先是对于CPU的说明服务器CPU性能参数主要信息可以通过查看/proc/cpuinfo获得。具体查看指令及效果如下： ...
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你报错的具体信息是啥。我执行之后显示的(base) qianwj@ubuntu-NF5280M5:/data/all_MTBC_genome/NCBI_all_MTBC $ sudo apt-get install wget lsb-release
[sudo] password for qianwj:
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
lsb-release is already the newest version (9.20170808ubuntu1).
wget is already the newest version (1.19.4-1ubuntu2.2).
The following packages were automatically installed and are no longer required:利用guppy进行basecalling
目前，绝大部分的生物信息分析是从原始测序的fastq格式文件开始的。而nanopore可以保存为fast5格式，MinKNOW软件是可以直接进行basecalling输出fa...
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SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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生物信息学习网站参考
1.教学网站或博客类[https://babyding.github.io/2021/08/31/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E...
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快速序列比对之BLAST
BLAST的大名对于做生物的同学可以说是如雷贯耳，哪怕非生信的同学也或多或少接触过这个东西。我们通常会使用ncbi的blast在线工具进行比对，但具有一个缺点就是很慢，因此我...
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泛基因组工具: Roary, panX, PEPPAN, PGAP引用文章标题：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Specie...
