最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另...
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推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockShow，亲测比haploview好用！
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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Post-GWAS-LD图与基因，关联结果一起可视化IntAssoplot包可以将GWAS结果和LD， 基因结构图整合在一起画出。介绍来自：https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
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群体遗传 || Pophelper-群体结构可视化学习
Pophelper基本说明 群体遗传下游分析中的一项常规分析即是群体结构的分层展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系统树和PCA，群体结构分层可以分断出小群体...
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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@Wei_Sun 挺好用的，费了老大劲终于装好了，谢谢Wei_sun老师
vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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hapmap 格式 转化为Plink格式方法
1.需求说明 进行重测序或者GBS时，hapmap是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介...
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5. GWAS：群体结构——Admixture群体结构是指材料的亚群分化情况，会导致标记间的非连锁关联，进而导致关联分析结果出现假阳性。 地理隔离、人工选择、移民和遗传漂变等都可能导致群体分化。 是指遗传变异在物种或群体...
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8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA• 指在非家系群体或系谱不明确的群体中两特定材料之间的遗传相似度与任意材料之间的遗传相似度的相对值； • 材料间不平衡的血缘关系是导致标记出现非连锁相关的另一个重要原因，小家...
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全基因组关联分析（GWAS）-群体结构与亲缘关系1、群体结构及其对 GWAS 的影响 群体结构的来源image.png群体结构对GWAS的影响--混淆变量Ancestry可以导致混淆变量（confounding varia...
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3.1 GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理精确的表型检测是关联分析的关键，GWAS对数量性状和质量性状都适用。 1.各类性状的特点及鉴定与考察建议 2.表型的基本处理 2.1 正态性检验 关联分析属于线性模型，要求...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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GWAS理论 1-1 全基因组关联分析基本概念和材料选择先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来 一、概念和理论基础 全基因组关联分析定义 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进...
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GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下载文件夹中......
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PCA原理解读和绘制方法⚠️该教程的PCA绘图基于ggplot2，可以根据ggplot2语法对图片进行额外的修改和保存。 1. 基础 PCA：全称Principal Component Method...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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小麦promoter最近看了个文章介绍plantpan平台预测promoter，好奇自己研究当中那几个基因的promoter到底受什么基因调控。毕竟在不同环境下表达不同，不同部位表达量也不同……...
