最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另...
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推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockShow，亲测比haploview好用！
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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Post-GWAS-LD图与基因，关联结果一起可视化IntAssoplot包可以将GWAS结果和LD， 基因结构图整合在一起画出。介绍来自：https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
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群体遗传 || Pophelper-群体结构可视化学习
Pophelper基本说明 群体遗传下游分析中的一项常规分析即是群体结构的分层展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系统树和PCA，群体结构分层可以分断出小群体...
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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hapmap 格式 转化为Plink格式方法
1.需求说明 进行重测序或者GBS时，hapmap是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介...
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5. GWAS：群体结构——Admixture群体结构是指材料的亚群分化情况，会导致标记间的非连锁关联，进而导致关联分析结果出现假阳性。 地理隔离、人工选择、移民和遗传漂变等都可能导致群体分化。 是指遗传变异在物种或群体...
