log2只能标准化到同一水平，去批次一般不行，你可以画一个pca的图看看
sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
发简信
IP属地：西藏
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.raw里同样会被log和标准化
scanpy踩坑实录
日常瞎掰 最近在分析scRNA-seq的数据，三个样本数据不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下载公共数据的样本，这样一捣腾，Seuart倒显得有些力不从心了，何也...
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samtools Bam文件常用操作
BAM文件flag记录 1：该read是成对的paired reads中的一个2：paired reads中每个都正确比对到参考序列上4：该read没比对到参考序列上8：与该...
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@八重_967e waring一般是没事，注意一下就好
fgsea单细胞转录组GSEA富集分析
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
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@八重_967e 不用分开的
fgsea单细胞转录组GSEA富集分析
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
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😂你可以验证一下，我也没有尝试过这种做法。跑了之后用PCA图验证看一下效果就行了
sva ComBat去除GEO数据批次效应
批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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linux下R 语言安装
Linux环境下安装R 报错:configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required wit...
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mask RCNN实现实例分割2017年Google公司开放了TensorFlow Object Detection API，该项目实现了多种深度学习框架，包括mask RCNN。利用API根据githu...
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不是TCGA的，就是log转化的TPM和芯片数据的整合
GEO RNAseq与chip seq数据整合
GEO数据有芯片数据，也有RNAseq数据，芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小，说明是经过log2转化。 RNAseq数据有counts矩阵，也有FPKM...
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@More_Nothing 数据集不是包里面自有的，这是单细胞测序数据的 seurat 对象。
monocle 拟时序分析
拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。 mo...
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@齐鲁医学僧 是的
SingleR细胞类型鉴定
SingleR计算每个细胞表达谱与每个参考样品的表达谱之间的Spearman相关性，相关分析仅对参考数据集中的变异基因(variable genes)进行。使用相关分布的固定...
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看个人需求，label. fine是比较细致的分类，可以作为参考，label. main一般会比较准确
SingleR细胞类型鉴定
SingleR计算每个细胞表达谱与每个参考样品的表达谱之间的Spearman相关性，相关分析仅对参考数据集中的变异基因(variable genes)进行。使用相关分布的固定...
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这个是跑过的代码，数据不一样可能会有报错哦。
monocle 拟时序分析
拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。 mo...
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什么是K线跳空
跳空缺口与回补 是指相邻的两根 K线间没有发生任何交易,由于突发消息的影响,或者投资者比较看好或看空时,股价在走势图上出现空白区域,这就是跳空缺口；在股价之后的走势中，将跳空...
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单细胞测序GSVA基因集变异分析GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集 基因集变异分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用...
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单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞肥大细胞特性 肥大细胞（mast cell），发育源于骨髓CD34+前体细胞，广泛分布于皮肤及内脏粘膜下的微血管周围，组织中肥大细胞不多，是连接神经系统和免疫系统的桥梁。 形...
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