1. 报错 上面的报错信息都是引用的网络，自己的报错信息，等到解决后，没有了。 2. 原因 是vscode官方升级导致对之前的glibc的一些库不支持了： 3. 解决...
IP属地：香港
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vscode远程连接突然出现报错显示glibc问题 -
NormqPCR笔记对应文献之一
title: NormqPCR笔记对应文献之一date: 2019-10-01 12:00:00type: "tags"tags: miRNA qPCR 内参categori...
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NormqPCR包笔记
前言 NormqPcR这个包用于对qPCR数据进行均一化(normalization，这里需要注意的是，这里的normalization只是使用内参来校正目标基因的表达的意思...
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@yangshichen 这个是没问题，只要符合输入格式
BSgenome 构建自己的参考基因组
1. 目的 最近在某个分析的时候，需要BSgenome object，然而我的物种不是常见的物种，是自己组装出来的多倍体物种，因此没法用已有的BSgenome参考基因组，...
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转录组数据分析—PPI网络构建在得到我们感兴趣的基因集后，除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关，还可以进行PPI蛋白互作网络（PPI, Protein-Protein Interact...
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结构方程模型(SEM)可用于微生态研究及R语言实现导读 结构方程模型（Structural Equation Modeling，SEM）是一种能基于变量之间的协方差矩阵分析多变量之间结构关系的多元统计分析方法，也被称为协方差...
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【机器学习】xgboost使用技巧sklearn api与原生api python下的xgboost有两套api，一套是原生api，一套是sklearn风格的api。两套api的逻辑还是区别较大的，但是考虑到...
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ATAC-seq生信分析综述翻译(Genome Biology)这是目前为止我看到过的关于ATAC-seq的最新综述，感兴趣的话值得一读。2020.4.22更新：我看到一个公众号也翻译了这篇文章，而且正好跟我这篇翻译是在同一天发表http...
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生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送将介绍这款软件的原理及使用。 TOBIAS——2020NC ...
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DecontX - 去除单细胞转录组数据中环境RNA污染
DecontX是一种通过去除RNA测序数据中非细胞信号的工具，它适用于单细胞RNA测序数据和高通量RNA测序数据。https://github.com/campbio/cel...
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Matrix::readMM包报Dim_validate错误
Matrix::readMM包报Dim_validate错误 在使用Matrix::readMM读取10x的mtx文件的时候，出现一下报错： 在google上搜索各种问题，没...
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monocle2 exprs报错
1. 发现报错 在进行monocle2发育轨迹的时候，从来么有报错的软件，竟然罢工了，出现了如下报错： 检查报错： 这说明不是monocle2对象的问题，可能是函数的问题？ ...
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是的，之前的版本是没有这个功能。
10xGenomics单细胞转录组--细胞核mRNA分析
需求 由于某些特定的环境，可能老师能够得到完整的细胞核，得不到完整的细胞，但是又想研究其细胞的单细胞转录组，就只能用细胞核进行10xGenomics单细胞转录组分析；或者...
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rdkit可视化原子序号
rdkit中对于单个原子的操作，常常是通过GetAtomWithIdx这个函数来实现的，然后可以对该原子做各种下游操作，但对于本身没有明确序号的原子，人难以确认该输入哪个序号...
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将化合物分子数据标准化（移除电荷、小片段、互变异构、空间信息）在AI应用的数据准备阶段，或者化合物数据库归类合并时，会有将同个化合物的不同形式标准化的需求。这样在比对时，就可以通过标准化后的SMILES的字符串比对，方便地处理化合物数据...
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@c8578639f23c 这种报错没有遇到过，我也会经常遇到未知的报错，你先检查一下文件的输入是否有问题。或者官方GitHub上面查一下
单细胞转录组||matrix.mtx说明（cellranger与kallistobustools的不同之处）
1. matrix.mtx 做过10xGenomics单细胞转录组的人都知道cellranger的标准输出是三个文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
