昨夜星辰云雨 ·

您好，请问一下，我在运行cds<-orderCells(cds)时，出现报错：Error in if (class(projection)!="matrix") projection<-as.matrix(projection): the condition has length > 1
之前所有步骤按照您的教程来是ok的，总是卡在这一步，还请老师指点迷津，谢谢！

F_Chou 评论自单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操

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请问R里面怎么输出KEGG和REACTUM的全部通路呢？
怎么样展示有差异的通路呢？

单细胞量化代谢活性-scMetabolism

一、scMetabolism的安装 scMetabolism是一个R包，用于在单细胞分辨率下量化代谢活性，目前只适用于物种是人的单细胞数据。作者推荐使用seurat的数据进行...

土豆干锅

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昨夜星辰云雨

无题

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cds <- cluster_cells(cds) 报错了：
求助┭┮﹏┭┮
Error in leidenbase::leiden_find_partition(graph_result[["g"]], partition_type = partition_type, :
REAL() can only be applied to a 'numeric', not a 'NULL'

Monocle3：拟时序分析

写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...

汪汪队队长_莱德

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昨夜星辰云雨

原文：信号通路研究思路_百度文库 https://wenku.baidu.com/view/449d5a41ec3a87c24128c450 证明一个药物能通过抑制P38表...

昨夜星辰云雨

找到原因了，示例数据的基因数16000+，太多了，尝试把基因缩减，代码就跑通了

NetAct代码实操之单细胞转录因子分析的新时代

前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性构建核心转录因子调控网络[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...

生信宝库

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gsearslts <- TF_Selection(GSDB = mDB, DErslt = DErslt, minSize = 5, nperm = 10000,
qval = 0.05, compList = compList,
nameFile = "gsearslts_tutorial")
我注意到你代码里并没跑这部分，而是直接readRDS本地文件。我跑这部分代码，一跑就R崩溃，怎么回事呢？..

NetAct代码实操之单细胞转录因子分析的新时代

前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性构建核心转录因子调控网络[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...

生信宝库

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昨夜星辰云雨

前言 在前一期的推文；hdWGCNA：将单细胞和空间转录组的WGCNA分析变成现实[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...

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请问构建假细胞是啥意思呢？为什么可以减少样本数呢

使用WGCNA分析单细胞转录组数据（懒人版） 2023-05-18

背景介绍 WGCNA是权重基因共表达网络分析，是常规转录组和单细胞转录组的重要分析内容之一，能找到与表型相关联的基因模块，所谓基因模块其实就是基因集，不过在WGCNA中是有共...

黄甫一

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