首先从一篇JCO 的图表说起 文章的目的是为比较HAIC与TACE对于大肝癌的治疗效果，研究设计为前瞻性随机对照三期临床试验，最后获得了一个阳性结果，既HAIC疗效优于TAC...
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亚组分析交互作用的P值计算及其可视化 -
R语言| 亚组分析森林图（基于HR结果）欢迎大家关注我的公众号：一只勤奋的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
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R语言gtsummary包快速制作临床试验基线特征表
在临床试验中，我们常常需要绘制组间比较的基线特征表，也是临床试验统计分析的第一步。今天给大家介绍一款好用的R包——“gtsummary”，不仅可以自定义输出形式（可以满足多种...
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单细胞数据的导入与质控 - Seurat
###################################### 题目：单细胞数据的导入与质控 - Seurat 语言：R Author: YQ#########...
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【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌原文来自这里，略编辑 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。 RNA-seq分析通常从基因水平的序列计数开始，涉及到数据预处理，探索...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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免疫细胞丰度与基因表达量的相关性热图1.目的 要把免疫细胞与某些基因计算相关性，并画出热图，例如（图） 2.思路 其实就是把完整的相关性矩阵切出一部分，像这样 只拿左上角或者右下角来画热图就好啦。 3.代码实现...
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GOplot | 更美观的富集分析可视化GOplot | 更美观的富集分析可视化 数据准备 GOplot使用了zscore概念，但其并不是指Z-score标准化，而是指每个GO term下上调(logFC>0)基因...
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批量计算表达矩阵任意两个基因的相关性
今天写了个函数，批量计算表达矩阵两个基因之间的相关性，安装这个小R包即可使用： 行名是两个基因名，第一列是p值，第二列是相关系数。这个示例矩阵有100行，计算的结果有4950...
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基因表达相关性也可以用弦图可视化（R语言）表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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免疫细胞注释-1：T细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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批次效应及多数据集合并
如何判断有批次效应 数据集中明确说明 Boxplot图 聚类树 PCA分析 芯片数据的处理 1.批次效应不能被消除，只有尽可能的降低。2.是否会矫枉过正？① 联合分析正常组为...
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富集分析不光有条带图和点图，还有...参考资料 南方医科大学网红博导Y叔的一本神奇的书https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html...
