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    用Beagle做基因型填充(Imputation)

    在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing(基因定相、单倍体分型),主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章:人类基因组的Phasing原理是什么。建议多读几遍 Pha...

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    如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息

    在GWAS研究中,Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图,它们可以把跟研究的性状(比如,基因型和身高)显著相关的基因位点清晰地展现出来,不少读者朋友应该...

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    群体结构分析Admixture 使用遇到报错及解决

    1. 软件下载及安装admixture: 使用conda进行软件安装 conda installadmixture 2. VCF文件格式转换为bed格式文件(似乎admixt...

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    2020-09-03vcftools去除或保留vcf文件中的样品

    原贴-https://www.omicsclass.com/article/647 vcftools去除或保留vcf文件中的样品 vcftools可以去除或保留vcf文件中的...

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    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用

    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用[https://zhuanlan.zhihu.com/p/139428767] 发布于 2020-05-10 18:58 全基因组关...