有两种方法，先看比较简单的一种： 结果： 第二种方法就比较复杂了，需要准备两个文件：一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt，格式如下： 一个是包含各个基...
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SNP在染色体上的密度分布图 -
R语言的“密度提琴图”绘制方法，让提琴图更加丰富多彩最初小编是在“A genome-based model for adjusting radiotherapy dose (GARD): a retrospective, co...
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工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具
来自【樊龙江《生物信息学》第二版】附录2。 一、重要门户网站和主要分子数据库 重要门户网站美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechno...
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跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》 第一次接触基因评分是在一篇文章中，也不知道这样的叫法对不对，作者选定了几个炎症基因，利用seurat包的一个打分函数AddMod...
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一起学画图：散点图+边缘分布统计图形-密度图-直方图-箱型图-小提琴图Part 1 ：散点图+变量边缘分布图形 原文点我，感谢支持[https://mp.weixin.qq.com/s/5tCPZIdhpEeHUDyJqM1tqw] 许多文章的...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化)样本间相关性评估 上一步得到各个样本的BAM文件之后，就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间，然后用统计每个区间上比对上的read数...
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motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配
motifmatchr的作用就是分析众多的序列和众多的motifs, 从中找到哪个序列包含哪个motif. 它的核心函数就是matchMotifs，最大特点就是快，因为它用的...
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R-loop数据分析之R-ChIP(peak calling)
Peak Calling 关于MACS2的使用方法， 我写了如何使用MACS进行peak calling详细地介绍了它的参数，在用MACS2之前尽量去阅读下。 尽管 文章说他...
