发简信
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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基因组Survey(二代测序数据质控）2021-06-26 一. 为什么要做基因组Survey? Survey分析要做什么数据准备？（1）QC方法介绍（2）NT方法介绍 1.为什么要进行Survey分析？2.Su...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
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终于，我也出了篇R语言入门手册！1 什么是R语言R语言是一个开源的数据分析环境，起初是由数位统计学家建立起来，以更好的进行统计计算和绘图，这篇wiki中包含了一些基本情况的介绍。由于R可以通过安装扩展包（P...
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脚本去除简书上的广告以及烦人的点击展开全文
简书现在出了一个超恶心的需求,对过长的文章搞了一个遮罩,让用户主动点击才能展开全文,卧槽真的好烦啊,然后我以为是该网站为了减轻带宽搞的两次请求数据呢,结果一查network发...
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day12 bowtie2学习一、bowtie2的基本概念 1. 比对 全局比对 End to end，也叫双端比对。把read作为一个整体，不可分割断裂。 局部比对local alignment exa...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
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bam文件过滤和去重复
最近处理的几组数据使我感觉到生信软件的教程一定要看最新的或官方的，因为现在的技术和方法发展太快了，软件更新换代也非常快，每一个版本都可能有细微的区别，网上找到的几年前的教程可...
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【ATAC-Seq 实战】二、分析环境搭建及原始数据处理
这里是佳奥！ 让我们从配置环境开始吧！ 1 Linux环境 2 R环境 3 下载sra数据 组织好项目 批量下载 4 转化为fastq 5 fastq过滤及质控可视化 Tri...
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R语言学习笔记之热图绘制TaoYan 简介 本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatma...
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
