中国科学院大学华大教育中心、深圳华大生命科学研究院和深圳国家基因库等研究机构的研究人员在《Scientific Data》发表了一个成年小鼠AT...
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表观基因组研究推荐 | 小鼠组织ATAC-seq数据集
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Conda工具使用
1. 介绍 任何语言的包，依赖和环境管理：Python，R，Ruby，Lua，Scala，Java，Javascript，C / C ++，FO...
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Bioconda 安装与使用
个人学习笔记，转载链接如下：作者：Hypdoctor链接：http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db來源：简书著...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异p...
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第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少...
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第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC1. 学习目标 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法 用ChIPQC产生质量统计报告 鉴定低质量数据的来源概览图Additional Qu...
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第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标： 探讨ChIP-seq数据质量低的来源 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation） 使用phantompe...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak callin...
专题公告
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