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HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）参数调整关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:样品的基因型（genotype） 两个数字中...
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刘小泽学习外显子-三款软件gatk、muse、varscan的结果差异刘小泽写于2020-3-9不涉及软件的具体使用方法，重点在于结果的比较从一个小问题入手不断探索，也是一种不错的学习方式 需要先进行预处理步骤——得到BQSR bam 下面的流...
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2020-06-18 GATK4基本概念整理GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设...
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为什么我得到的VCF中Allele Depth（AD）比预期的低好多？（GATK官方解答）疑问： 当我想要通过VCF文件查看一个突变位点的变异reads支持数时，发现文件展示的DP (total depth) 和AD (allele depth)的数量对应不上是咋...
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从reads到SNP-GATK流程（待续）获得高质量的SNP是进行GWAS分析，群体遗传学分析的前提。GATK是比较流行的call snp方法。另外还有samtools和bcftools结合的方法。实际的项目开展根据...
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GATK：HaplotypeCaller变异检测本文是阅读一个做算法的文章，有些收获和想法，作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候，常常使用HaplotypeCaller这个参数，这个参数的目的是检测出用来...
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优美胜于丑陋，明了胜于晦涩，简洁胜于复杂。<br>复杂胜于凌乱，扁平胜于嵌套，间隔胜于紧凑。
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（下篇）接着上一篇留下的问题，如何按照以1M为窗口，每次移动10Kb计算均值。我们以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位点结果为例，我们来增加这条线 原...
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VCF文件INFO列的一些信息意义转自：GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） QualByDepth（QD） QD是变异质量值（Quality）除以覆盖深度（Depth）得到的比值。这里的变异质量值就是...
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WGS分析笔记（2）比对+去重 2021-12-28
Step1. 下载参考组序列+建立索引 Index the reference genome 软件：bowtie2 samtools Step2. 比对 软件：bwa 软件：...
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WGS分析笔记（1）数据+质控 2021-12-15最近在做数据分析，同时把笔记整理一下，查漏补缺。 Step1. miniconda3创建虚拟环境 Step2.原始SRA数据下载 三种方式： Aspera Connect s...
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WGS分析笔记（4）—— Call SNVs/indels最近一直忙期末汇报和脚本编写，没来的及接着往下写文章，年前把这一块写了，然后再往下的分析流程就比较特异性了，做一步写一步那种，相对于这种已经常规化的流程（除了一些细节上的...
