本文可在 http://xuzhougeng.top/archives/hic-pro-an-optimized-and-flexible-pipeline-for-hi-c...
本文可在 http://xuzhougeng.top/archives/hic-pro-an-optimized-and-flexible-pipeline-for-hi-c...
关于vcf文件的学习(所有的需要信息都在头文件中) FORMAT variants的格式,例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:样品的基因型(genotype) 两个数字中...
刘小泽写于2020-3-9不涉及软件的具体使用方法,重点在于结果的比较从一个小问题入手不断探索,也是一种不错的学习方式 需要先进行预处理步骤——得到BQSR bam 下面的流...
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设...
疑问: 当我想要通过VCF文件查看一个突变位点的变异reads支持数时,发现文件展示的DP (total depth) 和AD (allele depth)的数量对应不上是咋...
获得高质量的SNP是进行GWAS分析,群体遗传学分析的前提。GATK是比较流行的call snp方法。另外还有samtools和bcftools结合的方法。实际的项目开展根据...
本文是阅读一个做算法的文章,有些收获和想法,作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候,常常使用HaplotypeCaller这个参数,这个参数的目的是检测出用来...
今天,我开发的R包,binmapr,终于上线CRAN了,也就意味着你可以通过install.packages("binmarp")的方式进行安装了。不过这个R包目前估计也就只...
接着上一篇留下的问题,如何按照以1M为窗口,每次移动10Kb计算均值。我们以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位点结果为例,我们来增加这条线 原...