由于可变剪切一个基因得到好多个序列长度不同的转录本，应该挑选出序列最长的最长转录本作为数据的分析 看一下有规律的蛋白文件命名，一般是以下形式 写个脚本提取 使用TransDe...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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@ytbao 好的，看到了
转座子对基因调控的作用
本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
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【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step2【Juicer loop】HiCCUPS HiCCUPS call loop的算法如上。 用法如下：hiccups [-m matrixSize] [-c chromosom...
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使用juicer进行三维基因组分析1.输入文件的准备创建一个文件夹，以物种名命名，比如:mkdir spalax_galili 在spalax_galili文件夹中再创建2个文件夹，分别命名为fastq和re...
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AB区室计算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...
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生信 | 三维基因组技术（四）：Compartment 分析流程写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Compartment计算...
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原文是哪个呀？
转座子对基因调控的作用
本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
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转座子对基因调控的作用本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
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使用pyGenomeTracks绘制表观展示图pyGenomeTracks是什么 首先在介绍pyGenomeTracks之前， 先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的应该就是...
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CscoreTool接HicExplorer进行A/B分析
主要提及summary文件的生成过程 summary文件具体内容： 第1列). Read Name 名称 第2列). 染色体 第3列). 位置 第4列). 方向 第5列). ...
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利用tbtools批量计算KaKs值如上图需要准备三个文件。 1.一个###必须的###基因对信息文件，大体格式如下（tab分割）： 2. 一个##必须的##cds序列文件（其中必须包括要用到的基因对对应的CD...
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使用KaKs_calculator计算Ka/Ks
安装kakscalculator2 kakscalculator2下载地址[https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/...
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paml计算 KaKs值
此前介绍利用Kaks_calculator计算ka/ks 值，本次对paml 进行计算kaks做一简单介绍。 软件安装 PAML 可实现系统发育树的构建，祖先序列估计,进化模...
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circos软件学习笔记：语法、颜色、字体和文件格式本篇笔记主要记录conf文件中的一些语法和设置。可以帮助我们更好的理解conf文件，从而可以画出很复杂的图。官网的教程：here[http://circos.ca/docum...
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这个软件一般要运行多久？15个物种？
mcmctree估算物种分歧时间
基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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如何用fasq-dump解压SRA文件
之前介绍了如何安装sratoolkit, 可以看我之前写的简书https://www.jianshu.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
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Pannzer2 | 推荐一款强大的Gene Ontology注释网站很多时候，我们一直想做到出色，做到出彩，但是比我们优秀的人，却在相同的方向上，做了十年，出彩了十年，而且他们没有停下脚步~~ 写在前面 Emmm，GO注释常常是一个有点争议的...
