写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.TAD 2.TAD分析流程...
发简信
IP属地：云南
-
生信 | 三维基因组技术（五）：TAD 分析流程 -
【三维基因组】PyGenomeTrack之AB compartment可视化前期的时候，我们画ABcompartment 往往需要个性化嵌入以下代码： 自从研究了pyGenomeTrack之后，发现pyGenomeTrack也能实现ABcompart...
-
修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作热图使用conda安装hicexplorer时经常会报错，下面介绍mamba安装方法；同时，hicPlotMatrix绘制的热图没有添加染色体边界，并且图例太大，下面介绍了源代码...
-
hicPro+EndHiC(一)染色体挂载
使用hicPro+EndHiC两个软件，对我们组装得到的contig数据进行染色体的挂载，得到我们所需要的scaffold水平的基因组文件。首先对HiC数据进行分析，得到En...
-
hicPro+EndHiC(二)染色体挂载
EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎么使用呢？不得不说一下，git...
-
HiCpro-HiCplotter
一、HiC-Pro 简介 HiC-Pro是目前比较流行的HiC数据标准化处理工具之一，其流程主要分为6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建Hi...
-
HI-C 数据分析pipeline（三：AB compartment 区室计算）使用HicPro处理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
-
最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率将不同的contig...
-
TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达
写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。本来打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因...
-
TEtranscripts：转座子元件差异表达转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DNA序列，有时会产生或逆转突变，改变细胞的遗传特性和基因组大小...
-
-
GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
-
@ytbao 好的，看到了
转座子对基因调控的作用
本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
-
【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step2【Juicer loop】HiCCUPS HiCCUPS call loop的算法如上。 用法如下：hiccups [-m matrixSize] [-c chromosom...
-
使用juicer进行三维基因组分析1.输入文件的准备创建一个文件夹，以物种名命名，比如:mkdir spalax_galili 在spalax_galili文件夹中再创建2个文件夹，分别命名为fastq和re...
-
AB区室计算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...
-
生信 | 三维基因组技术（四）：Compartment 分析流程写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Compartment计算...
-
原文是哪个呀？
转座子对基因调控的作用
本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
