For analyses of fewer than 5,000 samples, we recommend the GCTA or GEMMA software. bolt...
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IP属地：广西
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GCTA 进行GWAS分析
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生物信息学的机器学习中的特征提取方法
在生物信息学中，数据特征提取是机器学习模型构建的关键步骤，其核心是将复杂的生物数据（如基因序列、蛋白质结构、表达谱等）转化为适合算法处理的数值特征。以下是常用的特征提取方法分...
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Python应用——分析序列k-mer什么是k-mer 在生物学里面，k-mer就是指一段生物学序列的长度为k的子串。例如：一段 ACGAGGTACGA 的DNA序列，其4-mer就是如下图所示： k-mer在生...
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AutoHIC 自动纠正HiC挂载结果
相关成果发表在NAR，Zijie Jiang, Zhixiang Peng, Zhaoyuan Wei, Jiahe Sun, Yongjiang Luo, Lingzi B...
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【history】如何丝滑地记录Linxu命令行操作历史？对于运维来讲，history命令应该说是用到最多的了，尤其是一些老旧的系统，一些历史命令更多时候，相当于是运维手册，但是history命令有时候也有很多不方便的地方。 今天介...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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orthofinder实际使用
下载目标物种的蛋白质组序列 使用哪个蛋白质组版本 OrthoFinder 使用蛋白质编码基因的氨基酸序列。这通常位于物种的文件夹中，称为“注释”。理想的情况是为每个基因使用一...
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生信分析：两款经典的检测基因组结构变异软件前一篇推送解读了今年发在NG上的鉴定玉米抗旱基因的文章。文章中一个比较关键的分析是从泛基因组水平鉴定结构变异。作者应用并评估了四款常用的软件：SyRi、Smartie-sv、...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）（转发）入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[https://www.jianshu.com/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...
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二代转录组可变剪切(AS)分析1.背景知识 1.1什么是可变剪切 可变剪切（differential splicing）也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成...
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RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表...
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使用TransDecoder寻找转录本中的编码区
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。 软...
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足球场或篮球场，如果对手恶意犯规造成己方人员伤亡，对方需要负法律责任吗？
依据《民法典》第一千一百七十六条规定，自愿参加具有一定风险的文体活动，因其他参加者的行为受到损害的，受害人不得请求其他参加者承担侵权责任，但是其他参加者对损害的发生有故意或者...
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karyoploteR: 画一个测序深度分布图测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低；如果是重...
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TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)再次体验一下TBtools的强大。使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。 一、数据准备 1.基因组组装结果fasta格式 2...
