本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表...
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RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon -
使用TransDecoder寻找转录本中的编码区
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。 软...
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karyoploteR: 画一个测序深度分布图测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低；如果是重...
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TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)再次体验一下TBtools的强大。使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。 一、数据准备 1.基因组组装结果fasta格式 2...
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使用python从cds或蛋白质fasta文件中提取最长转录本
提取最长转录本是一个常见的功能,本脚本会生产两个文件maxpep文件为仅含有最长转录本的fasta文件,maxpep.list为最长转录本的列表原文件格式如下,这是其中一个基...
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R : Shiny|搭建单细胞数据分析云平台shiny官网 在这本书中，作者提出数据分析的一个流程，在数据转换、可视化以及建模之后，来到数据分析的新阶段：与别人分享我们的数据。之前我们分享了许多单细胞数据分析的教程ce...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果RIdeogram 是用来展示 染色体组型 （idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。具体介绍可以参考https://w...
