写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。本来打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因...
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TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达
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TEtranscripts：转座子元件差异表达转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DNA序列，有时会产生或逆转突变，改变细胞的遗传特性和基因组大小...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step2【Juicer loop】HiCCUPS HiCCUPS call loop的算法如上。 用法如下：hiccups [-m matrixSize] [-c chromosom...
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使用juicer进行三维基因组分析1.输入文件的准备创建一个文件夹，以物种名命名，比如:mkdir spalax_galili 在spalax_galili文件夹中再创建2个文件夹，分别命名为fastq和re...
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AB区室计算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...
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生信 | 三维基因组技术（四）：Compartment 分析流程写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Compartment计算...
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转座子对基因调控的作用本篇为转载，原创作者为AI写代码的DNA 义冠转座元件对基因调控的作用[https://mp.weixin.qq.com/s/PXxkXJf3IORul_9Si24__w]...
