前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升，详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板[https://mp...
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Seurat | 分析百万细胞不是梦 -
GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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screen | 交互式命令也可以防挂断，实用又能装远程使用服务器资源的时候，运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行，如果这个任务需要运行很长的时间，一般会使用nohup命令将任务挂后台运行，这样即...
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多分类两分组的交集差集可视化，简洁又恰到好处两分组的交集差集可视化最常用的方法就是韦恩图，复杂点如果分组超过5组可以换成upset图展示。虽然也是两分组，但如果有多个分类时韦恩图就不是好的选择了。此时，回到最简单的...
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可以用Single-cell demultiplexing功能定量看看符不符合你的预期 @Y_bc4c 控制检测的细胞数目，可以根据实际调整
Viral-Track： 揭示重症COVID-19病人的感染特征
前言 今年的新冠可谓是来得触不及防，对各个行业多带来了很大的影响。庆幸的是在全国人民一起配合的努力下，国内的疫情被控制的很好，相比于海外来说，简直是天壤之别了。现在想想能...
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自学资源 | 生信计算机基础，数据处理纵享丝滑虽然目前有很多语言模型可以替代人工写代码，但并不总是可以直接复制可用，有时候还是需要人工修改以完善可用。拥有学习能力，数据处理并没有会与不会，而是处理上的难易程度最终以花...
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可以用Single-cell demultiplexing功能定量看看符不符合你的预期
Viral-Track： 揭示重症COVID-19病人的感染特征
前言 今年的新冠可谓是来得触不及防，对各个行业多带来了很大的影响。庆幸的是在全国人民一起配合的努力下，国内的疫情被控制的很好，相比于海外来说，简直是天壤之别了。现在想想能...
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Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板
Seurat作为知名的单细胞数据分析框架，虽然很好用，但在大数据集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决，比如通过引入featu...
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@Lee_0703 后续分析基因水平的差异需要用到，可以基于其结果或者gtf文件生成
kallisto：scRNAseq和bulk-RNAseq的快速定量软件
前言 今天来跟大家分享一款非常优秀的桌面级的RNAseq定量软件——kallisto。该软可以同时用于bulk and single-cell RNA-Seq 以及一些常...
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收藏几个单细胞可视化包好看的图当然会锦上添花，单细胞美化的包很多，也各有特色，不妨收藏几个，方便以后事半功倍地画出漂亮的图。 scplotter[https://pwwang.github.io/...
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让scale给整不会了
数据处理时经常需要做各种处理，如标准化和归一化，在R里面可以借助scale函数来轻松完成。默认情况下，该函数做的事情可以用下面的公式概括：其中 x 是原始数据点，μ 是数...
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pheatmap依然是做热图的首选每当需要做热图的时候，首先想到就是pheatmap。记不清啥时候第一次使用该包了，但从那以后这就是画热图的第一选择了，因为无论是功能，还是颜值，亦或是操作简易程度都可以算...
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FeaturePlot 对负值并不友好Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降维空间里各个分群的表达情况，也可以展示metadata里面的数据情况，例如基因集打分情况。虽然这个函数绘图好用，但是对...
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riborex：差异翻译基因分析
分析差异翻译基因时，为了保证结果的正确性，除了使用Xtail软件外，也用riborex分析了一遍，该软件封装了常规转录组常用的三种差异分析框架DESeq2、edgeR、V...
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Tips：ChIPseeker注释的peak文件不要随意命名
ChIPseeker用来做peak注释体验感确实很好，所以也经常用，为此还特意包装了一个性化脚本方便命令行直接使用，后台也有不少人获取脚本，省时省力能解决问题的工具当然是...
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没错，就是这么解决的
jupyter笔记无法导出为html
日常瞎掰 jupyter做为一种可以交互式的文本化编程工具，真的是越用越顺手，尤其是针对那些很快就执行完成的代码真的是所见即所得。做为代码笔记工具，jupyter也可以像...
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xtail | 差异翻译基因分析基因翻译，即遗传密码从转录本到蛋白质的过程，也是功能基因能够发挥自身作用前的必经之路。基因的翻译效率收到很多因素的调控，这其中最直接的是基因本身的转录丰度，正常情况下，翻...
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@Glckspilz_864d 简单来说是无效区域，就像基因在表达谱里面没有表达值一样，是基因本身没表达，还是建库测序时没有测到，原因没法确定
HiCExplorer分析HiC-seq挺顺手
日常瞎掰 这一波疫情的反弹给上海很多地方按下了“暂停键”，从干饭人变成 “饭人” ，也许只有一个通告的距离。一觉醒来，也许小区大门口就贴上了“封闭管理的告示”。本以为就像...
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ChIPseeker个性化注释脚本修复之前的推文[个性化ChIPseeker注释peak结果[https://www.jianshu.com/p/f1307325d8a2]]里面分享了利用ChIPseeker...