在RNA-seq分析结果中经常会看到由两个主成分(PC1,PC2)绘制的PCA (principal component analysis)质控图,来反映样本间的远近关系...
![240](https://upload.jianshu.io/users/upload_avatars/23667126/ab34c0a9-6601-4500-8ab6-9c7ceeb13e59.jpg?imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/1/w/240/h/240)
在RNA-seq分析结果中经常会看到由两个主成分(PC1,PC2)绘制的PCA (principal component analysis)质控图,来反映样本间的远近关系...
"枪响了""看到是谁开的枪了吗""看不清,他站在道德的制高点上,他在阳光下。" ——温特伯格《狩猎》 知其道,用其妙。 vect...
都4202年了,还需要纠结RNA-seq分析软件的选择么?一般来说无需在软件的选择上纠结,如果数据中的信号比较强,用什么软件都应该能检测到,改变的效应也都应该能get到,...
@shRDJr 软件文档里没有看到过,个人觉得差异结果的行与输入的区间行一一对应
MAnorm2:ChIP-seq数据分组比较软件前言 ChIP-seq 技术是研究蛋白质与DNA相互作用的重要手段,被广泛用于揭示转录因子和组蛋白修饰在全基因组范围内的结合位点的分布情况。近年来,随着实验技术的发展和测...
分析空间转录组数据的时候,简单地学习了一下MISTy模型框架:一个灵活扩展,可解释的机器学习框架,可用于从任何空间组学数据中提取关系,可同时评估数十到数千个marker。...
有些问题来来回回,学了忘,忘了学,反反复复很多次,用到时依然是模糊的。之所以被遗忘,也许是问题本身不重要,没有什么存在感;也许是要学的东西很多,脑容量不够。Anyway,...
clusterProfiler包做富集分析后,可直接使用配套的可视化函数展示结果,最常见的形式有barplot、dotplot。网上有很多相关的推文,今天咱来说点不一样的...
上周的推文[计算基因组范围内邻近DSB的间距[https://www.jianshu.com/p/d8f19cb90279]]介绍了邻近DSB间距的计算方法。虽然结果没有...
最近客户想验证一下基因组内邻近DSB之间的距离分布在实验组和对照组是否有差别。不熟悉DSB的朋友可以先看一看这篇推文:END-seq数据分析[https://mp.wei...
最近一直在用scanpy分析单细胞数据,真的是越用越顺手,但常在河边走哪有不湿鞋的呢?这不一不小心就给自己埋下了一个难以察觉的潜在问题。为什么这么说呢?因为这个问题通常情...
@查查_994f 看看新版的推文也许会有帮助,https://mp.weixin.qq.com/s/Scb8-WHIp5Uvd7S_dsiDrA
scRNAseq:h5文件转化为matrix表达矩阵前言 今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求,就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下,我们是不需要用到这个需求,因为通常我们见到的表达量文件是下...
一行代码即可简单优雅地搞定细胞比例堆叠条形图:
最近看了不少关于空间转录组的文献,其中印象最为深刻的还是2022年发表在nature上的文章:Spatial multi-omic map of human myocar...
Single-cell best practices学习资源所有内容如下: Introduction 1. Prior art[https://www.sc-best-pra...
10x Visium空间转录组数据下游聚类时,可以分为两种策略:一是基于细胞类型相对比例聚类,二是基于基因表达值聚类。第二种与普通单细胞处理方法一致,第一种略有不同。 ...
目前,虽然单细胞测序技术允许在一次实验中进行成千上万个细胞的转录分析,但一直存在数据稀疏性的问题,如基因的覆盖度低,Dropout等。这些现象都会对基因表达在低维空间中的...
最近需要处理10x Visium空间转录组的数据,所以到官网学习了一番基础分析流程的内容。 Slide Parameters 需要搞清楚数据使用的芯片类型,以便后续需要手动对...