生信云笔记

看到一篇关于kallisto软件原理的文章，内容通过图文的形式详细地介绍了软件的工作原理，让读者能够直观地理解以便更好地使用软件，内容通俗易懂值得学习与分享。内容如下： ka...

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端粒是位于染色体末端的DNA的非编码重复序列，就像安全帽一样，保护着基因组。在人体细胞中，其初始长度为8-15kb，每复制一次，其长度便会减少50-200bp。当端粒长度达到...

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CADD (Combined Annotation–Dependent Depletion) 是一种基于 logistic 回归模型的评分系统，用于预测人类基因组中遗传变异的...

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微卫星 (Microsatellite) 通常由1-6个碱基为重复单元串联重复很多次形成，其位点遍布于基因组。在 DNA 复制负责错配修复 (MMR) 基因的功能存在缺陷时，...

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染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...

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Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...

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写在前面 IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器，经常被用来做比对结果的可视化。它除了能够方便查看二代测序结果检出的...

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有人问：用R绘图时看着一切都挺好，可是保存后打开图片一看，字体等内容会变得不协调。这个时候，最简单的方式就是调整保存图片的大小，可能来来回回需要好多次，保存的图片内容才会协调...

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  前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升，详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板[https://mp...

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一、 简述     为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...

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  远程使用服务器资源的时候，运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行，如果这个任务需要运行很长的时间，一般会使用nohup命令将任务挂后台运行，这样即...

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  两分组的交集差集可视化最常用的方法就是韦恩图，复杂点如果分组超过5组可以换成upset图展示。虽然也是两分组，但如果有多个分类时韦恩图就不是好的选择了。此时，回到最简单的...

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  虽然目前有很多语言模型可以替代人工写代码，但并不总是可以直接复制可用，有时候还是需要人工修改以完善可用。拥有学习能力，数据处理并没有会与不会，而是处理上的难易程度最终以花...