CADD (Combined Annotation–Dependent Depletion) 是一种基于 logistic 回归模型的评分系统，用于预测人类基因组中遗传变异的...
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CADD遗传变异打分，有害性的综合评估 -
MSI分析工具如何选择，最好的原来是它微卫星 (Microsatellite) 通常由1-6个碱基为重复单元串联重复很多次形成，其位点遍布于基因组。在 DNA 复制负责错配修复 (MMR) 基因的功能存在缺陷时，...
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manta分析SV的结果有点懵染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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annovar好用却又不完全会用
annovar作为老牌变异注释软件，用起来还是挺方便的，速度也挺快，可以输出txt格式的结果，是一个不错的选择。支持的输入格式有pileup、cg、cgmastervar、g...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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怎样用IGV查看reads对的方向关系？写在前面 IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器，经常被用来做比对结果的可视化。它除了能够方便查看二代测序结果检出的...
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R保存个图也要来回折腾，如何避免这种情况有人问：用R绘图时看着一切都挺好，可是保存后打开图片一看，字体等内容会变得不协调。这个时候，最简单的方式就是调整保存图片的大小，可能来来回回需要好多次，保存的图片内容才会协调...
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RBO评估rank基因集的相似性
Rank Biased Overlap (RBO) 是一种用于评估两个排序列表相似度的指标，适用于不完整或部分重叠的排序列表，能够处理不同长度的列表，并在计算中引入衰减因子以...
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ggsave如何统一不同格式的图片尺寸
ggsave 保存图片时，PDF、PNG、JPEG 等不同格式的尺寸设置方式不同，主要是因为它们的单位和分辨率不同。为了让这些格式的图片尺寸保持一致，需要根据分辨率和单位进行...
