发简信
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cellrank v1/2 | 细胞分化轨迹推断，scanpy团队出品CellRank是由出品scanpy的Fabian J. Theis 团队开发的单细胞轨迹分析工具，主要用于推断细胞命运的动态变化。传统轨迹推断 (trajectory in...
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利用数据库的marker手动注释细胞类型单细胞分析前期很重要的一步是细胞类型注释，这一步看似很简单，有时候做起来却是最耗时的一步。如果数据很好，用经典的或者文献里的marker很轻松就可以定义出细胞类型，此时这一步...
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Seurat用来分析bulkRNA，这就是降维打击Seurat作为知名的单细胞数据软件，真的是非常棒，让分析过程变得简洁高效，无需花费很多的学习成本便可以上手。虽然该软件是为单细胞数据设计而来，但也不妨碍用来分析bulkRN...
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CytoTRACE2：细胞分化潜能的预测效果不错CytoTRACE2是一个新颖的深度学习框架，旨在处理单细胞潜能评估的复杂性，同时实现直接的生物学可解释性。该框架的核心是一组基因集二进制网络 (Gene Set Binar...
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cnvkit分析CNV，batch真的好用
最近需要分析CNV，所以学习了一下cnvkit软件。不得不说，软件的文档写得真的很详细，能够感受到给予使用者的满满诚意。无论是最新的文档，还是网上相关的帖子，都会看到下面的这...
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telomere length and content estimating端粒是位于染色体末端的DNA的非编码重复序列，就像安全帽一样，保护着基因组。在人体细胞中，其初始长度为8-15kb，每复制一次，其长度便会减少50-200bp。当端粒长度达到...
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kallisto原理的图文详解，通俗易懂的专业内容最具吸引力看到一篇关于kallisto软件原理的文章，内容通过图文的形式详细地介绍了软件的工作原理，让读者能够直观地理解以便更好地使用软件，内容通俗易懂值得学习与分享。内容如下： ka...