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复现CELL文章图片，在线绘制scRNA-seq多个cluster的差异火山图导读 火山图表示两组间的差异，而在scRNA-seq中，同时会有多个cluster（vs其他cluster）的差异。如果用常规火山图展示，可能需要绘制十几个图。有没有更高效的...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流下，识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括...
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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8.4分非肿瘤生信，免疫浸润+机器学习+动物模型验证。可谓是非肿瘤生信结合实验验证的范文，值得收藏！影响因子：8.44 关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型 1 单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2 单个疾病结合免疫浸润，铁死亡，自噬等基因集，机器学...
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最新8.4分双疾病联合生信分析，机器学习+实验验证，不仅好发，分数还高！生信小课堂 影响因子：8.44 慢性肾病（CKD）是最重要的心血管风险因素之一，在各种心血管疾病中发挥着至关重要的作用，如钙化主动脉瓣疾病（CAVD）。研究表明，CAVD在C...
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DESeq2分析预处理
一、在R中去除低表达基因的一个常用方法是设定一个阈值，比如，一个基因在一定数量的样本中至少需要达到某个计数值。以下是一个示例R代码，展示如何去除在少于一半的样本中计数少于10...
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差异性分析方法汇总整理在数据研究中，常见的数据关系可以分为四类，分析是相关关系，因果关系、差异关系以及其它。本次所进行研究的关系为差异关系。对于差异性分析方法常见可以分为三类：参数检验、非参数检验...
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8+SCI，单基因泛癌生信+表达验证+单细胞泛癌。单基因泛癌的经典思路，不得不服，即便再过两年，仍然可以发文！影响因子：8.7 关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多。也发了数篇8分+的文章，只不过由于保密的原因，我们不会进行宣传，只能讲解别人发的文章。小编最近也筛选到一些结果比较好...
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4分SCI，40天接收，较简单的非肿瘤纯生信大家好，今天要和大家分享的是2021年8月发表的一篇文章：“Integrated Bioinformatics-Based Identification of Potenti...
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单基因单肿瘤发7.5分，公共数据生信分析+自有队列验证，两个月接收！
影响因子：7.561 本文从投稿到接收仅2个月时间 本文属于单基因生信+实验验证的思路。小编之前写过单基因实验验证的思路，里面提到了由浅入深的9各步骤，本文算是完成了前2步。...
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TCGA数据的一致性聚类实战和可视化通过不同的聚类算法，依据不同的基因或指标给样本聚类，是数据挖掘文章里面经常出现的操作咯。接下来要写写不同聚类方法的介绍和代码实现啦。 1.输入数据 目前从网上找到的代码大多是...
