本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat 对象的构建和信息提取。 目前构建Seurat对象有以下几种方法： 从 CellRanger 输出构建 从 h5 文件构建 从表...
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Seurat 对象的构建和信息提取 -
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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bam文件过滤和去重复
最近处理的几组数据使我感觉到生信软件的教程一定要看最新的或官方的，因为现在的技术和方法发展太快了，软件更新换代也非常快，每一个版本都可能有细微的区别，网上找到的几年前的教程可...
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基因组比对专题——sam文件格式详解(2)
在最近的学习工作中，我越来越认识到生物信息学分析重要的基础之一是对文件格式与含义有着深刻的认识。因此，在深入了解比对之前，必须对其中所要用到的文件格式加以研究。本文参考自SA...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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ChIP-seq详细分析流程参考生信技能树1以及生信技能树2只记录从数据下载，到最终结果展示，具体生物学知识请自行查阅稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。数据下载：数据存放地址关于环境...
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Structure图的构建与理解
介绍 什么是structure图？ 如果你有看过群体遗传相关的文章，你对它肯定不会陌生。对那些还没有接触过的同学，那就直接上图吧： 上图是选取于一个大麦群体遗传的研究。不同的...
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CytoTRACE 原理及代码解释CytoTRACE是一款基于单细胞计数矩阵推测细胞间活性和细胞间相对分化状态的一款软件，这里我们结合实际代码例子，解释CytoTRACE的数学原理： step 1:这一步先将...
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您好，可以给一个代码的来源吗，我之前找到了现在又找不到了，谢谢
NetAct代码实操之单细胞转录因子分析的新时代
前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性构建核心转录因子调控网络[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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2023-03-10 R语言提取特定行名的数据命令
使用rownames函数来获取数据框的行名，然后用[]或subset函数来根据行名筛选数据。例如，假设数据框为df，想要提取行名为a和b的数据，可以用以下命令： 使用dply...
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在linux上安装R包的5种方法
第一种方式，当然是R自带的函数直接安装包了，这个是最简单的，而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。 对普通的R包，直接install.packages()即可，一般下载不了都是...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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富集倍数Fold Enrichment的计算方法在做完GO富集[https://www.jianshu.com/p/71278efdaad9]之后，我们可以得到这样的富集分析结果，在结果里可以看到有两列是GeneRatio...
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学习g：Profiler基因功能富集分析软件g：Profiler主要有四个可选工具： g：GOSt用于分析 flat or ranked gene lists以获得富集特征； g:Conver用于转换不同类别的基因标识...
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R语言-T检验、秩和检验、百分比检验、卡方检验T检验与秩和检验 T检验：符合正态分布的数据用T检验秩和检验：不满足正态分布的数据用秩和检验 正态分布的检验 非正态分布 非正态分布中值比均值有意义 如果点在直线两侧则为正态...
